Фамилия Зуботенко — характерный пример украинской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс, самый распространённый в украинской ономастике, изначально имел значение «маленький», «сын» или «потомок» (сравните с польским -енко и русскими патронимами на -ович). Таким образом, Зуботенко — это буквально «сын Зубота» или «потомок человека по прозвищу Зуб».

Основа фамилии — прозвище Зуб. В восточнославянской традиции прозвища по частям тела давали не столько за внешность, сколько за характерные черты поведения или ремесла. «Зубом» могли назвать человека с крепкими, крупными зубами, но чаще — того, кто отличался цепкостью, упорством, «кусачестью» в споре или обладал особой хваткой в делах. В некоторых говорах «зуб» означал также острый выступ, скалу или даже долото, что намекает на возможную связь с ремеслом камнетёса или плотника.

Интересно, что в отличие от фамилий типа Зубов (русская модель с суффиксом -ов, обозначающая принадлежность: «чей?» — Зубов), форма Зуботенко жёстко привязана к украинской антропонимической системе. Если Зубов мог возникнуть и в среде крестьян, и в среде служилых людей, то Зуботенко исторически бытовала в основном среди казачества и крестьянства Левобережной Украины и Слобожанщины. В реестрах запорожских казаков XVII–XVIII веков прозвище Зуб встречается нередко, а его производные на -енко — типичный способ фиксации родовой принадлежности в казацкой среде.

Редкость фамилии в том, что она почти не встречается за пределами украинского ареала. Переселенцы XIX века могли занести её на Кубань или в Сибирь, но в центральной России она остаётся единичной. Это делает Зуботенко хорошим маркером для генеалогического поиска: если ваши предки носили эту фамилию, с высокой вероятностью они выходцы из Черниговской, Полтавской или Харьковской губерний.

Никаких дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано — она оставалась в простонародье. В современных базах данных носители встречаются редко, что только подчёркивает её локальный характер.