Фамилия Зульфия — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, не ремесло и не географическое название, а напрямую женское личное имя. Это так называемая «матримониальная» фамилия, то есть образованная от имени матери, что для русской традиции нетипично и указывает на иноязычное происхождение. Имя Зульфия — арабского корня, в переводе означает «кудрявая», «вьющаяся» или «обладательница красивых локонов». В тюркских языках, особенно в татарском, башкирском, узбекском, это имя было и остаётся очень популярным.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к основе имени добавили суффикс -я, который в русском языке выполняет роль окончания, но по сути оформил имя как фамилию в женском роде. Учитывая, что фамилия склоняется как существительное первого склонения (Зульфии, Зульфию), она явно женская. Мужского варианта, скорее всего, не существует — это не фамилия в привычном понимании (как, например, Иванов или Смирнов), а скорее личное имя, закреплённое в качестве родового прозвания.

Географически фамилия Зульфия встречается прежде всего в регионах с преобладанием тюркского и мусульманского населения: в Татарстане, Башкортостане, в республиках Средней Азии, а также среди диаспор в крупных российских городах. Она практически не бытует у русских, что сразу выдаёт её национальные корни. В дореволюционных метрических книгах такая фамилия вряд ли фиксировалась — у тюркских народов фамилии в современном виде появились позже, нередко уже в советское время.

С точки зрения социального контекста, фамилия Зульфия — это «живая» память о конкретной женщине, матери, основательнице рода. Если предки носили эту фамилию, значит, в семье было сильно влияние материнской линии, либо женщина была настолько уважаема, что её имя стало родовым. В ономастических трудах, например в работах А. Суперанской, такие случаи описываются как «фамилии-антропонимы», где личное имя переходит в фамилию без изменений, что не редкость для народов, где патронимическая система (по отцу) не была жёсткой нормой.

Спорных версий происхождения у фамилии практически нет — корень слишком очевиден. Единственное, что может сбивать с толку: окончание -я заставляет воспринимать фамилию как женскую, хотя носителем может быть и мужчина (в паспорте фамилия не меняется). В таком случае это просто дань исходному имени, которое в тюркских языках женское, а фамилия закрепилась за родом вне зависимости от пола.