Фамилия Зундуев — редкая, и её происхождение упирается в этническую и языковую границу. Скорее всего, это фамилия бурятского или калмыцкого корня, а не исконно русская. Основа «Зунду» восходит к монгольскому «зунд» — «игла» или «шило». В бурятском и калмыцком языках это слово могло стать личным именем или прозвищем: Зундуем называли человека острого на язык, колкого, либо того, кто занимался ремеслом, связанным с шитьём или кожевенным делом.

Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию: так оформляли инородные фамилии при записи в метрики или ревизские сказки. В бурятской традиции фамилии часто образовывали от имени отца (патроним), и Зундуев буквально значит «сын Зунду». В пользу этой версии говорит и география: фамилия встречается в Забайкалье, Бурятии, Иркутской области — в регионах, где компактно живут буряты. В Калмыкии возможен тот же корень, но с другим суффиксом — например, Зундугов.

Второй, менее вероятный вариант — тюркское происхождение. В некоторых тюркских языках есть слово «зунду» (или «жунду») со значением «гнездо», «логово», но это скорее случайное созвучие. В русских говорах такого корня нет, так что версия с монгольским «иглой» выглядит основной. Фамилия Зундуев — наглядный пример, как степное прозвище получило русское окончание и закрепилось в документах, сохранив связь с языком предков.