Фамилия Зупку — редкая и нестандартная для русского уха. Скорее всего, она не славянского, а тюркского или кавказского происхождения. На это указывает окончание -у, которое нехарактерно для русских фамилий (те обычно заканчиваются на -ов, -ин, -ский). В русском языке фамилия Зупку, вероятно, застыла в форме, не склоняемой по падежам, что типично для заимствованных фамилий.

Наиболее вероятная версия связывает основу «Зупк-» с тюркским корнем «зуп» или «суп». В некоторых тюркских языках «суп» означает «вода», «река». Тогда Зупку — это прозвище человека, жившего у воды, или указание на его профессию, связанную с водоснабжением (например, водонос). Менее вероятна, но возможна связь с осетинским или чеченским словом, обозначающим «острый» или «колющий» — в таком случае прозвище могло характеризовать характер или остроту языка.

Суффиксальная модель фамилии необычна. Если бы фамилия формировалась в русской среде, она получила бы суффикс -ов (Зупков). Отсутствие суффикса говорит о том, что фамилия была записана в том виде, в каком её произносили носители исходного языка. Встречается она преимущественно в регионах Северного Кавказа, Закавказья или в среде тюркоязычных народов, откуда и могла попасть в русские документы при переписях.

Сравните с однокоренными фамилиями: Зупка (украинская или белорусская форма, где -ка — уменьшительный суффикс) и Зупков (русифицированный вариант). Зупку стоит от них особняком — она сохранила исходное окончание, что делает её ценной для лингвистов как пример живой записи иноязычного прозвища.