Фамилия Зыбалис — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение напрямую связано с географией и национальным составом Российской империи. С высокой долей вероятности, это латышская или литовская фамилия, которая попала в русский обиход через письменную фиксацию. Ключевой признак — финаль «-ис», характерная для фамилий балтийского происхождения (ср. Балодис, Калнис, Озолс). В русском языке такие окончания обычно не склоняются по падежам или склоняются по мужскому роду как существительные второго склонения, что и создаёт путаницу при попытке найти славянский корень.

Основа «Зыбал-» восходит к литовскому глаголу «zybti» или латышскому «zibēt» — «сверкать», «вспыхивать», «мерцать». Первоначально это было прозвище, которое давали человеку с быстрым, вспыльчивым нравом либо, наоборот, с непостоянным, «мерцающим» характером. В балтийской традиции такие прозвища легко становились фамилиями без дополнительных суффиксов — просто добавлялся показатель мужского рода «-ис» (в латышском) или «-ас/-ис» (в литовском). Таким образом, Зыбалис дословно означает «тот, кто сверкает» или «вспыльчивый».

Встречается эта фамилия преимущественно на северо-западе России — в Псковской, Новгородской, Ленинградской областях, а также в Латвии и Литве. В России её носителями часто оказываются потомки латышей или литовцев, переселившихся в ходе столыпинской аграрной реформы или после Первой мировой войны. Сословной привязки нет: фамилия могла принадлежать и крестьянину-латышу, и городскому ремесленнику.

Стоит отличать Зыбалиса от похожих русских фамилий типа Зыбалов или Зыбин. Русские фамилии на «-ов» и «-ин» образованы от прозвища «Зыба» (зыбкий, шаткий человек или тот, кто качает люльку-зыбку). Балтийский же суффикс «-ис» указывает на иную словообразовательную модель и другой ареал. Если ваш предок носил фамилию Зыбалис, почти наверняка он был носителем балтийского языка — латыша, латгальца или литовца, а его прозвище было связано не с качанием, а с блеском или вспышкой.