Фамилия Зюбер — редкая, и её происхождение почти наверняка не славянское, а немецкое или еврейское (ашкеназское). В русском языке она выглядит как искусственная или адаптированная: окончание -ер типично для немецких фамилий, образованных от названий профессий или прозвищ.

Скорее всего, в основе лежит немецкое слово «Süber» или «Süßer» — «сладкий», «нежный». В южнонемецких диалектах или в идише это могло быть прозвищем кондитера, торговца сладостями или просто человека с мягким, уступчивым характером. В идише «зюс» (zis) означает «сладкий», а суффикс -ер указывает на деятеля: «тот, кто делает сладкое» или «сладкоежка». Таким образом, Зюбер — это вариант фамилии Зюсскинд (Süßkind) или Цукер (Zucker), но с другим словообразовательным оттенком.

Вторая, менее вероятная версия — от немецкого «Sauber» («чистый», «опрятный»). Однако фонетически переход «ау» в «ю» в русской записи маловероятен: «Заубер» или «Зауберман» встречаются, а «Зюбер» — нет. Поэтому версия со «сладким» убедительнее.

В России фамилия Зюбер встречается крайне редко, в основном в городах, куда в XIX — начале XX века переселялись немецкие колонисты или еврейские ремесленники из Прибалтики, Польши и юга Украины. В метрических книгах и переписях её могли записывать на слух — отсюда возможны варианты Зюбер, Зибер, Зюббер.

Если ваш предок носил фамилию Зюбер, он с высокой вероятностью был городским жителем: кондитером, пекарем, торговцем или ремесленником. Фамилия не дворянская и не крестьянская — она из среды цеховых мастеров и мелких предпринимателей немецкоязычного происхождения.