Фамилия Зюханов — один из тех случаев, когда разбор начинается не с корня, а с суффикса. Модель образования здесь прозрачна: основа Зюхан- плюс типичный русский патронимический суффикс -ов. Это значит, что перед нами отчество в третьем поколении: Зюханов буквально означает «сын Зюхана», а тот, в свою очередь, «сын» или «человек» по имени или прозвищу Зюха.

Самая вероятная версия происхождения основы — от имени Зюха, которое является разговорной или диалектной формой крестильного имени Зосима. В народной речи Зосима часто превращался в Зюху, Зюшку, Зюханю. Такой путь типичен: полное церковное имя сокращалось, обрастало уменьшительными суффиксами, а затем становилось основой для фамилии. Если это так, то предок носителя фамилии мог быть крещён в честь преподобного Зосимы Соловецкого, одного из основателей Соловецкого монастыря, почитаемого на Русском Севере.

Существует и вторая, менее популярная версия — связь с диалектным глаголом «зюхать», который в некоторых говорах означал «шататься без дела», «зевать по сторонам» или «нюхать». Тогда Зюха — это прозвище для рассеянного или бездеятельного человека. Однако эта гипотеза слабее: прозвища на -уха/-юха чаще давались по конкретным действиям или внешности, а глагол «зюхать» — редкий, локальный, не дающий устойчивой модели для фамилии.

Географически фамилия Зюханов тяготеет к центральным и северным областям России, особенно к бывшим Вятской и Пермской губерниям, где имя Зосима было в ходу среди старообрядцев и крестьянского населения. Встречаемость фамилии невысокая, что тоже говорит в пользу её происхождения от редкого или диалектного варианта имени, а не от массового прозвища.

Однокоренные фамилии того же гнезда — Зюзин, Зюков, Зюганов. Последняя особенно показательна: Зюганов образована по той же модели от Зюган, что является ещё одним вариантом того же имени Зосима. Так что Зюханов и Зюганов — не просто похожие, а, скорее всего, родственные по корню фамилии, разошедшиеся в разных говорах.