Фамилия Заханов напрямую связана с бурятским именем Захан. В переводе с бурятского это слово означает «маленький». Такое имя могли дать младшему сыну в семье, особенно если старшие дети уже носили официальные имена, а младшего называли просто Малыш, Малец — по-бурятски Захан. Эта модель хорошо знакома и в русской традиции: прозвища вроде Малой или Меньшиков тоже закреплялись за младшими детьми.

С точки зрения словообразования фамилия Заханов построена по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который присоединяется к основе имени Захан. Этот суффикс указывал на принадлежность: «чей?» — Заханов, то есть сын Захана. Со временем притяжательное прилагательное закрепилось как фамилия.

Географически фамилия чаще всего встречается в Бурятии, Забайкалье и среди бурятских родов. Менее распространённый, но возможный вариант — происхождение от тюркского имени Захан (вариант Закир или Захир), но в русском ономастиконе бурятская версия считается основной и наиболее правдоподобной. В отличие от фамилий Захаров или Захарьев, которые образованы от библейского имени Захария, Заханов имеет совсем другую корневую основу — не греческую, а монгольскую.