Фамилия Зюнзя — один из тех редких случаев, когда прозвище застыло в почти неизменном виде, не обрастая типичными фамильными суффиксами. В ней нет окончаний -ов, -ин или -ский, которые в русском языке превращают прозвище в фамилию. Это так называемая «окаменевшая» форма, которая могла закрепиться за человеком напрямую, как Зюнзя, и передаваться детям без изменений. Такое часто встречается на Украине и в южных регионах России, где под влиянием украинской ономастики прозвища нередко становились фамилиями без дополнительной обработки.

Основа фамилии — прозвище Зюнзя. Его происхождение, скорее всего, связано с диалектными глаголами «зюнзить» или «зюкать». В русских говорах, особенно на юге и западе, эти слова означают «ныть, плакать, канючить» или «говорить невнятно, монотонно, жаловаться». Человек, которого прозвали Зюнзей, мог быть капризным, плаксивым, вечно недовольным или, наоборот, говорить тихо и неразборчиво. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён, эта — чисто бытовая, прозвищная, и её корни лежат в живой разговорной речи, а не в церковном календаре.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях есть слова, звучащие похоже, например, «зюн» (шерсть, волокно) или «зюзя» (в значении «маленький»). Однако для такой гипотезы нет убедительных лингвистических подтверждений, и она уступает славянской версии, которая опирается на живую диалектную лексику.

Фамилия Зюнзя — редкая, и её география фрагментарна. Встречается она преимущественно в Белгородской, Воронежской и Ростовской областях, а также на востоке Украины — в зоне, где русские и украинские говоры смешивались веками. Носители этой фамилии, вероятно, были крестьянами или казаками. Сословной элиты среди Зюнзя не зафиксировано: это фамилия простого люда, где прозвище давали по поведению или внешности, не задумываясь о благозвучии.

Словообразовательный анализ показывает, что фамилия стоит особняком. В ней нет уменьшительно-ласкательных суффиксов (-к-, -ок-), которые часто смягчают прозвища. Зюнзя — это прямая, «взрослая» форма. Если бы фамилия образовывалась по стандартной русской модели, мы бы получили Зюнзин или Зюнзев, но этого не произошло. Такая «нестандартность» и делает фамилию ценной для ономастов: она сохранила архаичную модель бытования прозвища в чистом виде.