Фамилия Абагановы — самобытный памятник хакасской культуры, который хранит память о происхождении своих носителей. В отличие от многих русских фамилий, она возникла не в среде крестьян или дворян, а в ходе административных преобразований среди хакасов. Со второй половины XVIII века, в связи с учетом ясачного сбора, у хакасов начали вводить фамилии. Интересно, что для самого понятия «фамилия» в хакасском языке нет специального термина — его смысл передают словами «обеке» («предок») или «пiчiкке кiрчен» (буквально «закрепленный в документе»). В течение XIX века родовые сеоки, потерявшие социально-экономическое значение, уступили место фамилиям, которые образовывались от имен глав семейств, ведущих самостоятельное хозяйство. Благодаря богатству хакасской ономастики однофамильцев было немного.

Фамилия Абаганов образована от именования Абаган по русской модели с помощью суффикса -ов. Само слово Абаган восходит к хакасским корням «аба» — «медведь» и «хан» (или «кан») — «кровь». Таким образом, Абаган переводится как «медвежья кровь». Скорее всего, это было личным именем, но есть и другая версия: фамилия может быть связана с названием города Абакан (по-хакасски Агбан, Абаган, Абыган), которое, в свою очередь, происходит от названия реки. В таком случае Абагановы — потомки выходца с берегов Абакана.

В хакасском фольклоре сохранились легенды, объясняющие это название. В одной из них рассказывается о могучем богатыре Аба-кане — «медвежьей крови» или «медведе-хане», который на коне перепрыгивал реку с берега на берег. Однажды во время разлива конь оступился, и богатырь упал в воду — в память об этом событии реку назвали Абаканом. Другая легенда повествует о медведе-великане, терроризировавшем аулы, пока молодой алып (богатырь) не победил его в схватке. Поверженный медведь превратился в гору, из которой забил источник, давший начало реке.

Хотя процесс формирования каждой фамилии мог быть долгим и не всегда привязан к одной местности, фамилия Абаганов остается ценным источником семейной истории. Окончательно судить о точном времени и месте её происхождения можно только на основе серьёзных генеалогических изысканий.