Фамилия Абаис встречается редко, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она не славянская, а пришла из тюркских или кавказских языков, где основа «абай» или «аба» имеет ряд значений. В казахском и башкирском, например, «абай» означает «осторожный», «осмотрительный», а также может быть личным именем. В тюркских языках «аба» — это «отец», «предок» или почтительное обращение к старшему. Конечное -ис в русском написании могло появиться как адаптация окончания или как часть составного имени.

Если отталкиваться от модели образования, то фамилия Абаис могла возникнуть в среде, где фамилии только начинали закрепляться, и фиксировали прозвище или имя без привычного славянского суффикса. Такие случаи типичны для народов Поволжья, Северного Кавказа или Средней Азии, где русские чиновники записывали имя человека почти дословно, а потомки наследовали эту запись как фамилию. В русском языке суффиксы -ов/-ев или -ин здесь не добавлены, что указывает на относительно позднее оформление или на то, что фамилия не прошла полную русификацию.

Версия о связи с арабским словом «абас» (хмурый, суровый) маловероятна: в русской передаче это имя обычно даёт фамилию Абасов, а не Абаис. Различие в окончании существенно. Таким образом, Абаис — это, вероятно, фамилия-прозвище или фамилия-имя тюркского происхождения, означающая «осторожный» или «почтенный». Географически её стоит искать в среде татар, башкир, казахов или у народов Дагестана, где такие основы распространены. Встречаемость фамилии крайне низкая, поэтому её носители, скорее всего, связаны родством в пределах одного региона или даже одного села.