Фамилия Абдульфанов начинается с арабского мужского имени Абдульфан — «раб Всепрощающего» (от «абд» — раб и «аль-Фан» — один из 99 эпитетов Аллаха). В исламской традиции имена с частицей «абдуль-» считаются благочестивыми и широко распространены, но конкретный эпитет «аль-Фан» встречается реже других, поэтому и фамилия получилась не такой частой, как, скажем, Абдуллаев или Абдурахманов.

В русском языке имя оформилось по стандартной патронимической модели: к основе Абдульфан добавили суффикс -ов, означающий «чей?» — сын Абдульфана. Это типичное «отчество в третьем поколении», закрепившееся как наследственная фамилия. Интересно, что в тюркских языках — татарском, башкирском — аналогичная фамилия могла бы звучать мягче, с другим ударением, но на письме закрепилась именно форма с русским окончанием.

Географически фамилия привязана к Поволжью и Уралу, где ислам традиционен среди татар и башкир. Встречается и у некоторых кавказских народов. Изредка попадается вариант Абдульфанов — с буквой «а» после «ль»; это может быть следствием местного произношения или особенностей записи при переписях. Обе формы равноправны, хотя вариант с «у» редок и иногда указывает на конкретный регион.

В дворянских родословных книгах Российской империи фамилия не зафиксирована. Это объяснимо: фамилии из тюрко-мусульманской среды массово закреплялись лишь во второй половине XIX — начале XX века, когда начался всеобщий учёт населения. До этого люди могли жить с одним именем или прозвищем, а при получении паспорта сына записывали по отцу: «Абдульфанов». Предки носителей, скорее всего, были крестьянами или мещанами.

Словообразовательно фамилия стоит в одном ряду с Абдульмановым, Абдулькадыровым, Абдульхаковым — все они образованы от арабских имён с разными эпитетами Бога, но по одному принципу. Редкость второй части (аль-Фан) как раз и делает Абдульфанова менее распространённым, чем более привычные фамилии на «абду-».