Фамилия Абонеев — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она образована от прозвища или мирского имени, а не от крестильного. Модель типична для русских фамилий: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Абонеев — потомок человека по имени или прозвищу Абоней.

Что могло лежать в основе? Самая вероятная версия — диалектное или искажённое «обоняние» или «обонятель». В русских говорах слово «абоня» или «абоней» могло означать человека с тонким нюхом, либо, наоборот, того, кто постоянно принюхивается, «нюхает». Такие прозвища по физической особенности давали часто. Менее правдоподобна связь с тюркским «абон» (что-то вроде «отец» или «старший»), так как суффикс -еев для таких заимствований нетипичен — обычно они дают -ов (-ев), но основа должна была бы звучать иначе (например, Абонов).

Версия с искажением иностранной фамилии (например, французской или немецкой) маловероятна: фамилия не похожа на адаптации западных корней. Географически Абонеевы встречаются крайне редко, в основном в центральной России и Поволжье, что указывает на местное, а не привозное происхождение.

Исторически прозвище Абоней могло закрепиться за человеком, который работал с пахучими веществами (например, травником, знахарем, дегтярём), или за тем, кто отличался любопытством и «совал нос» не в свои дела. Точных документальных подтверждений в доступных ономастических словарях нет, но механизм образования и семантика типичны для русской антропонимии XVII–XVIII веков.