Фамилия Абонеев — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она образована от прозвища или мирского имени, а не от крестильного. Модель типична для русских фамилий: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Абонеев — потомок человека по имени или прозвищу Абоней.

Самая вероятная версия связывает основу с диалектным или искажённым словом, родственным «обонянию». В русских говорах «абоня» или «абоней» могло означать человека с тонким нюхом, либо, наоборот, того, кто постоянно принюхивается. Такие прозвища по физической особенности давали часто. Менее правдоподобна тюркская версия: слово «абон» (в значении «отец» или «старший») могло бы лечь в основу, но суффикс -еев для подобных заимствований нетипичен — обычно они дают форму Абонов, а не Абонеев.

Географически Абонеевы встречаются крайне редко, в основном в центральной России и Поволжье. Это указывает на местное, а не привозное происхождение. Версия с искажением иностранной фамилии маловероятна: основа не похожа на адаптации западных корней.

Исторически прозвище Абоней могло закрепиться за человеком, который работал с пахучими веществами (травником, знахарем, дегтярём), или за тем, кто отличался любопытством и «совал нос» не в свои дела. Точных документальных подтверждений в доступных ономастических словарях нет, но механизм образования и семантика типичны для русской антропонимии XVII–XVIII веков.