Фамилия Абонеева — женская форма от Абонеев, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. В русской ономастике фамилии на -ев образуются от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или йот. Основа здесь — Абоней. Модель проста: Абоней + ев означает «сын Абонея», то есть потомок человека по прозвищу или имени Абоней.

Само слово «Абоней» — почти наверняка диалектное или местное прозвище. В русских говорах, особенно северных и сибирских, бытовало слово «абоня» или «абоней» — так называли человека, который постоянно охает, стонет, жалуется на жизнь, от междометия «або» (вариант «абы», «ох»). Вторая версия — связь с тюркскими корнями: у татар и башкир встречается имя Абан (от «аба» — отец, старший), и фамилия могла возникнуть при контакте с русским населением через форму Абоней. Но первая версия, из живого русского говора, выглядит убедительнее: суффикс -ей типичен именно для русских прозвищ (сравните: Кислей, Хрипун, Горемыка).

Географически фамилия редкая. Основные очаги — Поволжье и Урал, где пересекались русские и финно-угорские диалекты с местными говорами. В дореволюционных переписях носители чаще всего числились крестьянами или мещанами. Сословной элиты среди Абонеевых не прослеживается: фамилия не попала ни в дворянские родословные книги, ни в купеческие гильдии. Это типичная «народная» фамилия, образованная от бытового прозвища.

Ударение в фамилии плавающее: одни произносят Абоне́ев (с ударением на «е»), другие — Або́неев (на первое «о»). Первый вариант грамматически ближе к исходному прозвищу Абоней, второй мог возникнуть под влиянием простонародного произношения. В написании путаница почти исключена: буква «ё» в корне не встречается, все варианты пишутся через «е».

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Абонеев стоит в одном ряду с Абанеев, Абонин, Абанин. Все они восходят к тому же гнезду — либо к диалектному «абоня», либо к уменьшительным формам от имени Абакум (Аввакум). Но Абонеев выделяется именно суффиксом -ей, который редко встречается в фамилиях такого типа, что делает её более локальной и узнаваемой для специалистов по русским говорам.