Фамилию Абанеева стоит разбирать не с корня, а с суффикса: -еев характерен для русских фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или на -ей. В данном случае он присоединён к основе «Абаней». Сама мужская форма, Абанеев, — типично русская по словообразовательной модели, но её основа не имеет прямых аналогов в славянской лексике. Это сразу указывает на заимствование: скорее всего, она восходит к тюркскому или арабскому имени, адаптированному в русской среде.

Самая правдоподобная версия — связь с именем Абан. Абан — мужское имя арабского происхождения, означающее «ясный», «очевидный», «красноречивый». В мусульманской традиции оно известно, но в русских землях могло встречаться у татар или других тюркских народов, которые активно контактировали с русскими. От Абана с помощью уменьшительного суффикса -ей (как Иван → Иваней, Степан → Степаней) образовалось прозвище Абаней — «маленький Абан» или «сын Абана». А уже от него — фамилия Абанеев. Это логичная цепочка, объясняющая и редкий суффикс, и нехарактерную для славян основу.

Менее вероятна связь с диалектным словом «абан» — в некоторых говорах так называли большую бочку или кадку. Тогда прозвище Абаней мог получить бондарь или человек плотного телосложения. Однако эта версия слабее: слово «абан» редкое и локальное, а фамилия Абанеевы встречается в разных регионах, включая Поволжье и Урал, где тюркское влияние было сильным. География бытования поддерживает именно первую гипотезу.

Носительницы фамилии Абанеева — потомки человека по прозвищу Абаней. Их предки, скорее всего, жили в зоне русско-тюркского пограничья, возможно, были служилыми людьми или крестьянами, воспринявшими имя от соседних народов. Фамилия не относится к числу дворянских и не фиксируется в родословных книгах, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. По сути, Абанеева — редкий пример того, как арабское имя прошло через тюркское посредничество, обросло русским уменьшительным суффиксом и закрепилось в виде фамилии на восточных окраинах России.