Фамилия Абанеева — женская форма мужской фамилии Абанеев. В её основе лежит редкое личное прозвище или вариант имени, и разобрать её стоит не с корня, а с суффикса, который сразу многое говорит о происхождении.

Суффикс -еев характерен для русских фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или на -ей. В данном случае он присоединён к основе «Абаней». Сама фамилия Абанеев — типично русская по модели, но её основа не имеет прямых аналогов в славянской лексике. Скорее всего, она восходит к тюркскому или арабскому имени, адаптированному в русской среде.

Самая правдоподобная версия — связь с именем Абан. Абан — мужское имя арабского происхождения, означающее «ясный», «очевидный», «красноречивый». В мусульманской традиции оно известно, но в русских землях могло встречаться у татар или других тюркских народов, которые активно контактировали с русскими. От Абана с помощью уменьшительного суффикса -ей (как Иван → Иваней, Степан → Степаней) образовалось прозвище Абаней — «маленький Абан» или «сын Абана». А уже от него — фамилия Абанеев.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «абан» — в некоторых говорах так называли большую бочку или кадку. Тогда прозвище Абаней мог получить бондарь или человек плотного телосложения. Однако эта версия слабее: слово «абан» редкое и локальное, а фамилия Абанеевы встречается в разных регионах, включая Поволжье и Урал, где тюркское влияние было сильным.

Носительницы фамилии Абанеева — потомки человека по прозвищу Абаней. Их предки, скорее всего, жили в зоне русско-тюркского пограничья, возможно, были служилыми людьми или крестьянами, воспринявшими имя от соседних народов. Фамилия не относится к числу дворянских и не фиксируется в родословных книгах, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение.