Фамилия Абганеева — редкий случай, когда суффикс -ев указывает не на славянское, а на тюркское происхождение. В русской модели фамилий суффикс -ев обычно присоединяется к основам на мягкий согласный или -й, но здесь он стоит после твёрдого -н, что настораживает. На деле мы имеем дело с русифицированной формой тюркской фамилии, где исходный суффикс принадлежности -ев был добавлен к основе, уже адаптированной русским языком.

Основа фамилии — Абганей. Это мужское личное имя, которое восходит к арабскому Абд аль-Гани (عبـد الغني) — «раб Всемилостивого» (одного из 99 имён Аллаха). В тюркских языках, особенно у татар и башкир, имя упростилось до Абганей, Абгани или Абган. Суффикс -ев в фамилии — не тюркский, а русский патронимический, принесённый при крещении или при переходе в русскую культуру в XIX веке. Таким образом, Абганеева означает «потомок Абганея», а сам Абганей — человек, носивший имя с глубоким религиозным смыслом.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону и Западной Сибири. Её носители — почти наверняка потомки татарских или башкирских мурз, которые после присоединения Казанского ханства и последующих волн христианизации получали русские фамилии по имени отца. В метрических книгах XIX века фамилия встречается в Казанской и Уфимской губерниях, реже — у сибирских татар в Тобольской губернии. Интересно, что в некоторых записях она писалась через «о» — Обганеева, что отражает акающее произношение в татарских диалектах.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Ганеев, Ганиев, Абдулганеев — показывает, что Абганеева сохранила более архаичную форму, где отсеклась первая часть «Абд-». Это типично для тюркской адаптации арабских имён: «Абд аль-» стягивается в «Аб-» или «Ап-». Поэтому Абганеева и Ганеев — не разные корни, а варианты одного имени, разошедшиеся в разной среде.

Социальный статус предков определить трудно: фамилия встречается и среди крестьян, и среди мещан, но в дворянских родословных книгах не зафиксирована. Вероятнее всего, это потомки служилых татар или ясачных людей, которые в XVIII-XIX веках перешли в крестьянское сословие. Никаких известных носителей в истории не прослеживается, и это нормально для фамилии, которая осталась локальной и не попала в столичные элиты.