Фамилия Абганеева — случай, когда русский суффикс -ев скрывает тюркские корни, и это сразу заметно по нестыковке: в русской модели суффикс -ев обычно крепят к основам на мягкий согласный или на -й (как в «Корнеев»), а здесь он стоит после твёрдого -н. На деле это русифицированная форма тюркской фамилии: исходный суффикс принадлежности добавили к основе, которую русский язык уже адаптировал под себя.

Основа фамилии — Абганей. Это мужское личное имя, которое восходит к арабскому Абд аль-Гани (عبـد الغني) — «раб Всемилостивого», то есть одного из 99 имён Аллаха. В тюркских языках, особенно у татар и башкир, длинное арабское имя стянулось до Абганей, Абгани или Абган: первая часть «Абд аль-» сократилась в простое «Аб-», что типично для тюркской адаптации. Суффикс -ев в фамилии — не тюркский, а русский патронимический, он появился при крещении или при переходе в русскую культуру в XIX веке. Так что Абганеева означает «потомок Абганея», а сам Абганей — человек, носивший имя с глубоким религиозным смыслом.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону и Западной Сибири. Её носители — почти наверняка потомки татарских или башкирских мурз, которые после присоединения Казанского ханства и последующих волн христианизации получали русские фамилии по имени отца. В метрических книгах XIX века фамилия встречается в Казанской и Уфимской губерниях, реже — у сибирских татар в Тобольской губернии. В некоторых записях она писалась через «о» — Обганеева, что отражает акающее произношение в татарских диалектах: это редкая деталь, которая помогает отличить региональный вариант написания от простой описки писаря.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Ганеев, Ганиев, Абдулганеев — показывает, что Абганеева сохранила более архаичную форму, где отсеклась первая часть «Абд-». Ганеев и Абганеева — не разные корни, а варианты одного имени, разошедшиеся в разной среде: где-то имя стянули сильнее, где-то слабее. Социальный статус предков определить трудно: фамилия встречается и среди крестьян, и среди мещан, но в дворянских родословных книгах не зафиксирована. Вероятнее всего, это потомки служилых татар или ясачных людей, которые в XVIII-XIX веках перешли в крестьянское сословие. Никаких известных носителей в истории не прослеживается, и это нормально для фамилии, которая осталась локальной и не попала в столичные элиты.