Фамилия Аганеев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного корня, указывающего на профессию или внешность, что сразу заставляет искать нестандартное объяснение. Начинаем с разбора суффикса: -еев в русских фамилиях обычно образуется от основ на -ей или -ай. То есть модель такая: Аганей → Аганеев. Остаётся понять, что такое «Аганей».

Самая вероятная версия ведёт к крестильному имени Агафон (от греческого «агатос» — добрый, хороший). В народном произношении его часто сокращали и искажали: Агафон → Аганя → Аганей. Такой путь — от полного церковного имени к обиходному прозвищу, а затем к фамилии — типичен для русской ономастики. Суффикс -еев указывает на принадлежность: «сын Аганея». Получается, Аганеев — это буквально «внук (или потомок) того, кого звали Аганей», то есть Агафона.

Есть и менее вероятная версия — связь с тюркскими языками. В татарском и башкирском есть слово «аган» (старший брат, дядя) или «ага» (господин, старший). Если фамилия возникла в среде крещёных татар или в районах активного русско-тюркского контакта (например, Поволжье), то Аганеев могло означать «сын старшего брата» или «сын уважаемого человека». Но эта гипотеза слабее: во-первых, для тюркских основ типичен суффикс -ев, а не -еев, во-вторых, фамилия не зафиксирована как распространённая в татарской среде. К тому же, в словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования от тюркских корней обычно дают форму на -ов, а не на -еев, что делает эту версию сомнительной.

Географически фамилия Аганеев встречается редко, в основном в южных регионах России и на Урале. Это говорит о том, что род мог быть немногочисленным и локальным. Сословная принадлежность предков неясна: форма на -ев могла быть как у крестьян (отчество, ставшее фамилией), так и у духовенства. Но семинарские фамилии часто образовывались от имён святых, а Агафон — не настолько частый святой, чтобы дать массовую фамилию. Скорее всего, перед нами крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XVII–XIX веках. Если копнуть глубже, то в документах можно встретить вариант написания «Оганеев» — это следствие аканья, когда безударное «о» произносилось как «а». Такая орфографическая вариативность типична для фамилий, записанных со слов, и лишний раз подтверждает их народное, а не книжное происхождение.