Фамилия Аганеев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного корня, указывающего на профессию или внешность, что сразу заставляет искать нестандартное объяснение. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -еев, который в русских фамилиях обычно образуется от основ на -ей или -ай: Аганей → Аганеев. Но что такое «Аганей»?

Скорее всего, в основе лежит крестильное имя Агафон (от греческого «агатос» — добрый, хороший). В народном произношении оно нередко сокращалось и искажалось: Агафон → Аганя → Аганей. Такой путь — от полного церковного имени к обиходному прозвищу, а затем к фамилии — типичен для русской ономастики. Суффикс -еев указывает на принадлежность: «сын Аганея». Таким образом, Аганеев — это буквально «внук (или потомок) того, кого звали Аганей», то есть Агафона.

Есть и менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими языками. В татарском и башкирском есть слово «аган» (старший брат, дядя) или «ага» (господин, старший). Если фамилия возникла в среде крещёных татар или в районах активного русско-тюркского контакта (например, Поволжье), то Аганеев могло означать «сын старшего брата» или «сын уважаемого человека». Однако эта гипотеза слабее: во-первых, для тюркских основ типичен суффикс -ев, а не -еев, во-вторых, фамилия не зафиксирована как распространённая в татарской среде.

Географически фамилия Аганеев встречается редко, в основном в южных регионах России и на Урале. Это говорит о том, что род мог быть немногочисленным и локальным. Сословная принадлежность предков неясна: форма на -ев могла быть как у крестьян (отчество, ставшее фамилией), так и у духовенства (семинарские фамилии часто образовывались от имён святых, но Агафон — не настолько частый святой, чтобы дать массовую фамилию). Скорее всего, перед нами крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XVII–XIX веках.