Фамилия Агафеев — один из тех случаев, когда написание обманчиво. На слух она кажется производной от редкого имени Агафей, но на деле почти наверняка восходит к каноническому мужскому имени Агафон. В русской традиции имя Агафон (от греческого «агатос» — добрый, хороший) имело народные, обиходные формы — Агафоня, Агафона, Агафей. От такой уменьшительной формы Агафей и образована фамилия через притяжательный суффикс -ев, указывающий на принадлежность: «сын Агафея».

Интересно, что фамилия Агафеев нередко соседствует с гораздо более распространёнными Агафоновым и Агафоновым-же, но сама по себе встречается заметно реже. Это говорит о том, что в основе лежала именно местная, диалектная или семейная вариация имени. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно встретить крестьян и посадских людей с именем Агафейко — это та самая разговорная форма, от которой и пошла фамилия.

По суффиксу -ев фамилия типична для центральных и северных областей России. Вероятнее всего, предок носителя фамилии Агафеев был крестьянином или ремесленником, которого в быту звали не полным церковным именем, а уменьшительным — Агафей. В официальных документах это прозвание закрепилось за его потомками. Других версий, например от прозвища «агафа» (что-то связанное с агатом), у этой фамилии нет — корень здесь исключительно именной, без дополнительных смысловых наслоений.