Фамилия Агафинов — редкий случай, когда исходное имя почти стёрлось в произношении, но сохранилось в написании. В её основе лежит крестильное имя Агафон, что в переводе с греческого означает «добрый», «благой». Однако в фамилии закрепилась старая, церковная форма этого имени — Агафий (от греческого Agathios). Суффикс -ин указывает на принадлежность: Агафинов буквально значит «сын Агафия» или «человек из рода Агафия». Это типичная патронимическая фамилия, образованная от полной формы имени, а не от уменьшительной, что сразу выделяет её из ряда более привычных Агафоновых.

Разберём словообразовательную модель. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединялся к основам на -а/-я: отсюда Агафин → Агафинов. Формально правильным было бы Агафин, но в XVIII–XIX веках, при оформлении фамилий в документах, к основе часто добавляли -ов, чтобы избежать путаницы с краткими притяжательными прилагательными. Так и получился Агафинов — двойной патроним, где первый суффикс принадлежит имени, а второй — фамильной модели.

В разговорной речи имя Агафий постоянно путали с более привычным Агафон, и фамилию нередко записывали на слух как Агафонов. Но Агафинов — более редкий вариант, сохранивший книжное, церковное звучание. В дореволюционных метрических книгах встречаются и формы Агафиев, и даже Агафиин, но именно окончание -ов или -ин закрепилось в русской фамильной модели как знак принадлежности к определённому роду. Интересно, что в некоторых говорах имя Агафий произносили как Агапей, что породило фамилию Агапинов — ещё один редкий вариант того же корня.

Географически фамилия Агафинов прослеживается в центральных губерниях России, особенно в тех, где было сильно влияние старообрядчества. Старообрядцы держались за старые, дониконовские формы имён, поэтому Агафий (вместо Агафон) мог бытовать именно в их среде. Предки современных Агафиновых, скорее всего, были крестьянами или мещанами из старообрядческих общин, реже — представителями духовенства, где церковные имена давали по святцам без сокращений. В синодальных списках священников XIX века имя Агафий встречается единично, но в среде староверов оно сохранялось дольше.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в одном ряду с такими редкими формами, как Анемподистов, Иулианов или Каллистратов — все они образованы от полных, архаичных имён. В отличие от массовых Ивановых или Петровых, Агафиновы сохранили в своей фамилии отпечаток конкретной исторической среды, где имя произносили строго по-церковнославянски, а не по-бытовому. Если вы носите эту фамилию, ваши предки с большой вероятностью происходили из среды, где традиция и точность имени значили больше, чем простота произношения.