Фамилия Агафинов — одна из тех, где исходное имя почти стёрлось в произношении, но сохранилось в написании. В её основе лежит крестильное имя Агафон, что в переводе с греческого означает «добрый», «благой». Однако в фамилии закрепилась старая, церковная форма этого имени — Агафий (от греческого Agathios). Суффикс -ин указывает на принадлежность: Агафинов буквально значит «сын Агафия» или «человек из рода Агафия». Так что перед нами типичная «патронимическая» фамилия, образованная от полной формы имени, а не от уменьшительной.

Интересно, что в разговорной речи имя Агафий часто путали с более привычным Агафон, а фамилию могли записывать на слух как Агафонов. Но Агафинов — более редкий вариант, сохранивший книжное, церковное звучание. В дореволюционных метрических книгах можно встретить и форму Агафиев, и даже Агафиин, но именно окончание -ов или -ин закрепилось в русской фамильной модели как знак принадлежности к определённому роду.

Географически фамилия Агафинов встречается нечасто, но прослеживается в центральных губерниях России, особенно в тех, где было сильно влияние старообрядчества. Старообрядцы часто держались за старые, дониконовские формы имён, поэтому Агафий (вместо Агафон) мог бытовать именно в их среде. Соответственно, предки современных Агафиновых могли быть крестьянами или мещанами из старообрядческих общин, реже — представителями духовенства, где церковные имена давали по святцам без сокращений.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в одном ряду с такими редкими формами, как Анемподистов, Иулианов или Каллистратов — все они образованы от полных, нередко архаичных имён. В отличие от массовых Ивановых или Петровых, Агафиновы сохранили в своей фамилии отпечаток конкретной исторической среды, где имя произносили строго по-церковнославянски, а не по-бытовому.