Фамилия Аганофов ведет свое начало от личного имени предка. Фамилия Агафонов произошла от крестильного мужского имени Агафон, которое переводится с греческого как «добродетельный», «благотворный». Чаще всего, это имя встречалось среди представителей низших сословий, крестьянства. Об этом А.С. Пушкин написал в примечании к «Евгению Онегину»: «Сладкозвучнейшие греческие имена, каковы, например, Агафон, Филат, Федор, Фекла и проч., употребляются у нас только между простолюдинами». Вполне возможно, что основатель рода Агафоновых получил имя Агафон в честь одного из святых покровителей – печорского угодника, чудотворца Агафона, день памяти которого приходится на 10 сентября (28 августа). В результате имя человека закреплялось за его потомками и домочадцами и оформлялось суффиксами принадлежности -ов/-ев, -ин, -ский/-цкий. Таким образом, потомок человека, которого звали Агафон, со временем получил фамилию Агафонов. Так, например, в Книгу памяти Архангельской области внесен крестьянин Александр Федорович Агафонов, родившийся в 1882 г. в деревне Калитинская Архангельского района. В Книге памяти Калининской области содержится информация о мельнике Василии Агафоновиче Агафонове (р. 1886) из деревни Тимонино Сонковского района Московской области. В Книге памяти Красноярского края записан Карп Степанович Агафонов (р. 1896), уроженец деревни Верхний Амонаш Канского округа Енисейской губернии. Среди известных однофамильцев – живописец, мастер мозаики Григорий Михайлович Агафонов (1819 - 1862), одной из лучших работ которого стали мозаичные образа святых, выполненные для Исаакиевского собора в Санкт-Петербурге.