Фамилия Агафоноф — не опечатка и не ошибка, а редкий орфографический вариант более привычной фамилии Агафонов. Разница в одну букву на конце («ф» вместо «в») — прямое указание на дореволюционную письменную традицию. В старой русской азбуке существовала буква «фита» (Ѳ), которая передавала греческий звук «тэта» и читалась как «ф». Имя Агафон, от которого образована фамилия, греческого происхождения (от «агатос» — «добрый», «хороший»), поэтому в церковной среде или у грамотных писарей его могли записать через «фиту». Когда после реформы орфографии «фиту» отменили, написание с «ф» в некоторых семьях закрепилось по инерции — так фамилия и сохранилась в архаичном виде.

Основа фамилии — каноническое имя Агафон, популярное в крестьянской и купеческой среде центральной России. Суффикс «-ов» указывает на классическую патронимическую модель: «чей?» — «Агафонов сын», то есть сын Агафона. Фамилия не связана с ремеслом или прозвищем — она чисто отческая. Форма Агафоноф встречается реже основной и фиксируется преимущественно в метрических книгах XIX — начала XX века, особенно в южных и центральных губерниях, где дольше держались традиции церковнославянского письма.

Любопытная деталь: в одной и той же семье в разных записях могло чередоваться написание Агафонов и Агафоноф. Писарь выбирал вариант в зависимости от собственной привычки или желания подчеркнуть греческое происхождение имени. Сегодня написание через «ф» почти исчезло, но оно остаётся не просто редкой формой, а живым следом того, как устроена была дореволюционная грамота и как фамилии, одинаковые по происхождению, могли разойтись в написании из-за одной буквы.