Фамилия Агафончук — яркий пример того, как восточнославянская модель фамилии «на -чук» закрепилась за человеком, чей предок носил крестильное имя Агафон. В украинской, а отчасти и в белорусской традиции суффикс -ук/-чук указывал на сына или ученика: Агафончук буквально значило «маленький Агафон» или «потомок Агафона». Такая форма особенно характерна для западных и центральных регионов Украины (Волынь, Подолье, Полесье), где фамилии на -чук встречаются в разы чаще, чем на севере или востоке.

Само имя Агафон — греческого происхождения, от «агатос» («добрый», «хороший»). В святцах оно появилось благодаря нескольким раннехристианским мученикам, но в народном быту никогда не было таким частым, как Иван или Пётр. Это означает, что прозвище или имя Агафон в крестьянской среде могло даваться либо по святцам, либо — реже — как мирское, с пожеланием доброго нрава. Фамилия, образованная от такого имени, говорит о том, что родоначальник был либо сам Агафоном, либо его сыном, которого в деревне называли «Агафончук» — то есть «Агафонов сын».

С точки зрения словообразования, Агафончук стоит в одном ряду с фамилиями Иванчук, Павлюк, Степанчук. Отличие от русской модели на -ов (Агафонов) здесь не только суффиксальное, но и социальное: в XIX веке фамилии на -чук чаще фиксировались у непривилегированных сословий — крестьян и казаков, особенно в Поднепровье и на Правобережной Украине. Поэтому, если вы встретите Агафончука, с высокой вероятностью его корни уходят в украинское село, где в метрических книгах дед или прадед записан как «Агафончук» без отчества.

Географически фамилия распространена неравномерно: по данным современных телефонных справочников и баз, она заметно чаще встречается в Житомирской, Хмельницкой и Ровненской областях, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В России её носители — в основном выходцы с Украины времён столыпинской реформы или советских переселений. Споров о происхождении фамилии практически нет: все ономасты (в том числе Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») сходятся на том, что Агафончук — типичный патроним от канонического имени Агафон с уменьшительно-сыновным суффиксом.