Фамилия Агафонкин ведет начало от имени Агафонка — просторечной, бытовой формы крестильного мужского имени Агафон (в переводе с греческого — «добрый», «благой»). Суффикс -к- в основе (Агафон + ка) характерен для повседневного, неофициального общения в среде простых людей, особенно в XVI–XVII веках. Так звали не в церкви, а дома, на улице, среди своих.

Модель образования фамилии — типичная для русского севера и центра: к основе, оканчивающейся на согласный, добавляли суффикс -ин. Агафонкин буквально значит «чей?» — «сын Агафонки». Такая форма (не Агафонов, а именно Агафонкин) встречается реже, но именно она указывает на то, что прозвище или обиходное имя предка закрепилось в документах в уменьшительной форме. В некоторых говорах суффикс -ин мог заменять более распространенное -ов, особенно если имя оканчивалось на -а.

Агафон — имя нечастое, но стабильно бытовавшее в крестьянской и духовной среде. Потомки Агафонки, скорее всего, были людьми из непривилегированных сословий: крестьянами, посадскими или мелкими служилыми. Фамилия закрепилась в основном в центральных и северных губерниях России, хотя точная география требует отдельного изучения по переписным книгам.

Стоит заметить, что фамилия Агафонкин — результат не одного, а двух последовательных «сжатий»: сначала полное церковное имя Агафон сократили до разговорного Агафонка, а затем от этой формы образовали фамилию. Подобные цепочки (Матвей → Матвейка → Матвейкин, Иван → Иванка → Иванкин) показывают, насколько живой была народная словообразовательная логика.

В ономастических словарях (например, в работах Б. Унбегауна) фамилии на -ин от основ на -а/-я трактуются как притяжательные прилагательные, указывающие на родство. Таким образом, Агафонкин — это не просто «из рода Агафона», а конкретно «из рода того, кого в быту звали Агафонкой».