Фамилия Агафонкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Агафонкин послужило церковное имя Агафон. Агафонка – это просторечная форма крестильного мужского имени Агафон. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Агафонка, со временем получил фамилию Агафонкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Агафонкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Агафонкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.