Фамилия Агафонкины — одна из тех, что образованы от канонического церковного имени, но с характерным просторечным оттенком. В основе лежит имя Агафон (от греческого «агатос» — добрый, хороший), а промежуточным звеном стала его обиходная форма Агафонка. Такие уменьшительные варианты в быту были распространены повсеместно, и именно от них, а не от полного имени, нередко и пошли фамилии.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Агафонки). В русской ономастике это один из самых древних и продуктивных типов, наряду с -ов/-ев. Однако сам суффикс -ин в сочетании с основой на -к- (Агафонк-ин) придаёт фамилии специфический «домашний», разговорный оттенок — так могли называть в семье или в узком кругу.

Если смотреть на географию, фамилии с основой Агафон- и суффиксом -ин встречаются преимущественно в центральных и северных регионах России, где притяжательные формы на -ин традиционно преобладали. В южных и западных областях чаще можно встретить вариант Агафонов — с более распространённым суффиксом -ов.

Интересно, что имя Агафон, хоть и было крестильным, в народной среде нередко ассоциировалось с чем-то простоватым или даже ироничным — отсюда поговорки вроде «Агафон — лапотник». Но это не снижает культурной ценности фамилии: она фиксирует живую речевую практику, где полное имя сокращали и «обкатывали» в быту, а потом это прозвище закреплялось за целым родом.

Точное время появления фамилии Агафонкины установить сложно — процесс шёл веками, и в разных семьях он мог завершиться в XVII–XIX веках. Но в любом случае это не просто «памятник письменности», а прямое свидетельство того, как имя, данное при крещении, превращалось в родовое прозвание через повседневное, живое общение.