Фамилия Агафоненко — типичный пример украинской модели фамилий, образованных от крестильного имени. Её суть проста и прозрачна: суффикс -енко в украинской ономастике традиционно означал «сын» или «потомок», поэтому Агафоненко — буквально «сын Агафона». Такая модель была особенно распространена в Левобережной Украине, на территории бывшей Гетманщины, где фамилии на -енко стали массово фиксироваться в документах уже в XVI–XVII веках.

Имя Агафон греческого происхождения (от agathos — «добрый», «благой»), и в этом смысле его значение безупречно. Однако в русской и украинской народной среде оно долго считалось простоватым и даже грубым — возможно, из-за звуковой близости к разговорным словам или из-за того, что так называли людей незнатного происхождения. Парадокс в том, что носителями этого имени были весьма уважаемые фигуры: римский папа Агафон (678–682), Иерусалимский патриарх Агафон (X век), а также несколько раннехристианских мучеников, чья память приходится на 10 января и 14 февраля по старому стилю.

С точки зрения словообразования фамилия Агафоненко стоит в одном ряду с десятками других украинских фамилий на -енко от канонических имён: Иващенко, Григоренко, Павленко. Но есть у неё и редкая особенность: имя Агафон в качестве основы встречается нечасто, что делает фамилию более узнаваемой. В отличие от массовых Ивановых или Петровых, Агафоненко — не «каждый второй», а скорее маркер конкретного рода, возможно, из южнорусских или украинских земель, где имя Агафон было в ходу у казаков или мещан.

Сословной принадлежности предков по одной фамилии не восстановить — Агафоненко могли быть и крестьянами, и ремесленниками, и казаками. Но сама модель на -енко чаще всего указывает на свободное, а не крепостное население: в Речи Посполитой такие фамилии закреплялись за теми, кто имел личную свободу и передавал её детям. Так что если вы ищете корни, географию стоит сузить до Черниговщины, Полтавщины или Слобожанщины — именно там фамилии этого типа оседали плотнее всего.