Фамилия Агафонченко — один из ярких примеров украинской патронимической модели, где суффикс -енко играет роль «сын» или «потомок». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинское -енко прямо указывает на происхождение от отца. В данном случае Агафонченко означает «сын Агафона» или «потомок человека по имени Агафон». Интересно, что в этой фамилии суффикс стоит после твёрдого согласного «н», что типично для украинской ономастики: от имени Агафон ожидалась бы форма Агафоненко (с наращением -енк-), но вариант Агафонченко с суффиксом -ченко — более редкая, но тоже возможная форма, где основа могла быть усечена до Агафонч-.

Основа фамилии — каноническое мужское имя Агафон. В святцах это греческое имя (Agathon) означает «добрый», «благой». В России и Украине имя было популярно в крестьянской и мещанской среде, особенно в XVII–XIX веках. Его носили и простые люди, и духовенство, но в дворянской среде оно встречалось реже. Соответственно, предок-родоначальник Агафонченко мог быть крестьянином, ремесленником или казаком, которого в документах записали по отцу: «Агафонченко» — то есть «Агафонович» в украинском варианте.

Географически фамилия тяготеет к левобережной Украине (Черниговщина, Полтавщина, Сумщина), а также к южным регионам, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские крестьяне и казаки. В России она встречается реже, чаще как результат миграций или русификации. С точки зрения сословной истории, Агафонченко — фамилия преимущественно крестьянская или казацкая. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века она встречается среди государственных крестьян и бывших казаков, особенно в Черниговской губернии. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это типичная «народная» фамилия, образованная от имени, которое было в ходу у простого люда. Если вы носите эту фамилию, ваш предок, скорее всего, был человеком по имени Агафон, жившим на украинских землях, а фамилия закрепилась за его потомками в ту эпоху, когда украинское население массово получало наследственные прозвища (XVII–XVIII века).