Фамилия Афонченко — типичный пример украинской модели фамилий на -енко, которая буквально означает «сын Афоньки» или «потомок Афоньки». Суффикс -енко был настолько массовым в Поднепровье и на Левобережной Украине (современные Черкасская, Полтавская, Киевская области), что к XIX веку стал главным маркером украинской фамилии, вытеснив многие другие формы.

В основе лежит имя Афонька — народная, обиходная форма канонического имени Афанасий. Греческое «афанатос» переводится как «бессмертный», и в православной традиции это имя ассоциируется прежде всего со святителем Афанасием Александрийским (IV век). Он почти полвека управлял церковью и пережил не одну волну гонений, за что почитается как стойкий борец за чистоту веры.

Интересная деталь: форма Афонька, а не Афоня, указывает на южнорусское или украинское произношение с характерным «твердым» окончанием (-ька вместо -я). Такие уменьшительные имена (Грицько, Петро, Афонька) в XVI–XVII веках часто фиксировались в реестрах казаков и мещан как самостоятельные прозвища, а затем превращались в фамилии.

В отличие от русских фамилий на -ов (-ев), где ударение обычно падает на суффикс, в фамилии Афонченко ударение смещается на второй слог: Афо́нченко. Это тоже выдает украинскую словообразовательную привычку — сохранять ударение основы.

По сословному составу носители фамилии Афонченко в XVIII–XIX веках встречались в основном среди казацкой старшины, мещан и крестьян Черниговской, Полтавской и Харьковской губерний. Дворянского титула эта фамилия, как правило, не получала, оставаясь в среде свободного сельского населения.