Фамилия Афенченко — один из тех редких случаев, когда украинская модель фамильного суффикса скрещивается с греческой географией. В основе лежит не имя и не прозвище, а топоним: предок носителя этой фамилии, скорее всего, был родом из города Афины.

Связь с греческой столицей на первый взгляд кажется неожиданной для русской или украинской фамилии, но исторически она объяснима. В русском языке XIX века греческое название Ἀθῆναι (Афины) в бытовой речи и документах нередко передавали как «Афены». От этой формы и образовалось прозвище Афенец — «житель Афин» или «тот, кто родом из Афин». Прозвище закрепилось за человеком, который побывал в Греции, торговал с ней или просто получил такое «заморское» прозвище в деревне за свою необычную биографию.

Дальше в дело вступает украинский суффикс -енко, который в XVI–XVII веках был главным маркером потомка по отцу: Афенец → Афенченко, то есть «сын Афенца». Суффикс -енко в Поднепровье и Слобожанщине постепенно вытеснил другие патронимические формы и стал фамильным, а не отчеством. Так потомок человека по прозвищу Афенец получил постоянную фамилию Афенченко.

В русских говорах мог существовать и другой путь: от слова «афеня» — так называли офеней, коробейников и мелких торговцев (через аканье «афеня» вместо «офеня»). Но эта версия менее вероятна: суффикс -енко нехарактерен для великорусских говоров, где бытовало слово «офеня», а вот для украинской среды, где фамилии на -енко — норма, связь с топонимом «Афены» выглядит органичнее.

Фамилия не дворянская и не крестьянская по происхождению — она из казачьей или мещанской среды, где такие «географические» прозвища давали людям бывалым. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, жил на территории современной Украины или юга России, но носил прозвище, отсылающее к дальней античной столице.