Фамилия Афончин — характерный пример русских фамилий на -ин, которые указывают на принадлежность конкретному человеку: «чей?» — «Афончин», то есть сын или потомок Афончи. Эта модель (суффикс -ин) в русском языке обычно присоединяется к основам, оканчивающимся на -а или -я, и в данном случае всё указывает на то, что прозвищное или обиходное имя Афонча было в ходу у предков.

Самая прямая и распространённая версия: Афонча — это уменьшительно-обиходная форма крестильного имени Афанасий. В переводе с древнегреческого «афанатос» означает «бессмертный». На русской почве имя обросло множеством народных вариантов: Афоня, Афонька, Афонята, и в их ряду Афонча — одна из разговорных форм, типичная для северных и центральных говоров, где суффикс -ча придавал имени ласкательный или бытовой оттенок.

Однако ономастика знает и другие возможности, и их стоит рассмотреть, не отметая сразу. Дело в том, что звуковой комплекс «Афон-» встречается ещё в двух канонических именах. Первое — Агафон (от греческого «агатос» — «благо», «добро»). В народном произношении начальный звук мог редуцироваться, и Агафон превращался в Афоню, а оттуда — в Афончу. Второе — редкое имя Афоний (греческое «афониос» — «щедрый», «богатый»). Оно встречалось в святцах, но было малоупотребительным, а его краткая форма Афонча — и вовсе редкость.

Какой из трёх вариантов правдоподобнее? По частоте и типичности — Афанасий. Имя Афанасий было одним из самых распространённых в русской деревне вплоть до XX века, и его производные (Афоня, Афонькин, Афонин) дали десятки тысяч фамилий. Фамилия Афончин, скорее всего, возникла в той же среде, но с менее стандартным суффиксом: если Афонин — это «сын Афони», то Афончин — «сын Афончи». Такая форма встречается реже, что делает фамилию более локальной и узнаваемой.

Географически фамилия Афончин тяготеет к южнорусским и украинским областям, а также к Поволжью — именно там суффикс -ча в личных именах (Иванча, Петрунча, Афонча) был особенно живуч. Встречаются Афончины и среди старообрядцев: имя Афанасий у них почиталось, а консервативная среда лучше сохраняла архаичные словоформы.

Итак, вердикт этимолога: с вероятностью 90 % Афончин — это «внук Афанасия», причём деда в быту звали не просто Афоней, а именно Афончей. Оставшиеся 10 % оставляем на Агафона и Афония — они дают ту же фамилию, но по более редкому пути. Для носителя фамилии это означает, что его предок был человеком с одним из этих имён, а значит — крещёным, православным, скорее всего крестьянином или посадским, жившим в регионе, где любили «окать» и добавлять к именам суффикс -ча.