Фамилия Агафонов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Агафонов послужило церковное имя Агафон. Фамилия Агафонов восходит к мужскому имени Агафон. Среди известных однофамильцев – Валериан Константинович Агафонов (1863-1955), российский геолог, минералог и почвовед. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Агафон, со временем получил фамилию Агафонов. О точном месте и времени возникновения фамилии Агафонов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Агафонов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.