Фамилия Агафонова — одна из тех, что прямо указывает на имя предка. Её основа — мужское каноническое имя Агафон, которое пришло на Русь из греческого языка и означает «добрый», «благой». В святцах имя встречается нередко, поэтому и крестили так мальчиков в разных сословиях, а значит, и корней у фамилии много: она могла возникнуть независимо в разных семьях.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: к основе имени Агафон добавили суффикс -ов, который в русских фамилиях указывал на принадлежность («чей?» — Агафонов сын). Женская форма Агафонова — это не отдельная фамилия, а грамматический вариант, который закрепился за женщинами в той же семье. Если бы фамилия образовалась от прозвища или профессии, суффикс мог быть другим, но здесь всё однозначно: прямой потомок человека по имени Агафон.

Среди известных носителей — Валериан Константинович Агафонов (1863–1955), российский геолог, минералог и почвовед. Он прожил долгую жизнь, работал в самых разных областях науки о земле, и его пример показывает, что фамилия не привязывала человека к одному ремеслу или сословию. Агафоновы встречались и среди крестьян, и среди духовенства, и в дворянских родах — имя было распространённым, а фамилия не несла социальной отметки.

Интересно, что в некоторых говорах имя Агафон произносили с ударением на второй слог — Агафо́н, и это могло влиять на местные варианты фамилии. Но письменная форма закрепилась стандартная, с ударением на третий слог, как в церковном произношении. Встречаются и редкие однокоренные фамилии вроде Агафонькин или Агафошин, но Агафонова — самый частый и типичный вариант.