Фамилия Агафонова восходит к мужскому имени Агафон. Среди известных однофамильцев – Валериан Константинович Агафонова (1863-1955), российский геолог, минералог и почвовед. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Агафон, со временем получил фамилию Агафонова.