Фамилия Агафаров с первого взгляда кажется прозрачной по основе, но её путь в русский язык неочевиден. Корень — греческое имя Агафар, которое попало в русскую фамильную модель через тюркское посредничество. Имя Агафар — это арабская или персидская форма древнегреческого Агафа́нгел (Ἀγαθάγγελος), то есть «благое известие» или «добрый вестник». В исламской среде Поволжья имя прижилось в сокращённом виде — Агафар, и встречается у татар и башкир. Сама фамилия — классическая патронимическая модель на -ов, означающая «сын Агафара». Предок носителя фамилии, скорее всего, был наречён этим именем, а потомки получили фамилию по отцу.

Географически Агафаровы сосредоточены в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это объяснимо: в этих краях ислам и православие веками соседствовали, и греческие имена, адаптированные через тюркские языки, были обычным делом. В русской среде без тюркского влияния это имя почти не встречалось — оно слишком далеко от канонических Агафонов или Агапиев.

Есть и альтернативная версия, но она натянута: в некоторых тюркских языках «ага» — «старший, господин», а «фар» якобы восходит к персидскому «свет» или «сияние». Тогда Агафаров могло бы означать «сын светлого господина». Однако составные имена с «ага» в тюркском строятся иначе (например, Агахан — «господин-хан»), а компонент «фар» в таком контексте нехарактерен. Поэтому версия с греческим Агафангелом через арабское посредничество остаётся основной.

Сословное происхождение фамилии неоднозначно. Фамилии на -ов в Поволжье носили и крестьяне, и купцы, и духовенство. Агафаровы могли быть муллами, торговцами или простыми земледельцами. Точнее можно установить только по конкретным архивным записям — метрическим книгам или ревизским сказкам XVIII–XIX веков. В любом случае, фамилия прямо указывает на имя предка, которое несло в себе значение «доброй вести».