Фамилия Агафилов — один из тех случаев, когда за привычной славянской фамильной формой скрывается редкое календарное имя. Основа здесь — мужское имя Агафил, которое в святцах встречается нечасто. В переводе с греческого «агафилос» означает «добрый друг» (agathos — добрый, philos — друг). Имя это давали в честь святых, например мученика Агафила, пострадавшего за веру. То есть предок носителя этой фамилии, скорее всего, был крещён Агафилом, а его потомки получили фамилию по стандартной модели «чьих будете?» — Агафиловы, то есть люди из рода Агафила.

Обратите внимание на суффикс -илов. В русских фамилиях он встречается реже, чем привычные -ов/-ев, но встречается. Чаще всего он возникает, когда имя-основа оканчивается на мягкий согласный или на -ил: Агафил — Агафилов, точно так же, как Даниил — Данилов, Гавриил — Гаврилов. Путать с фамилией Агафонов не стоит: Агафон — другое имя, от греческого «агафон» (благо). Агафил и Агафон — разные корни, хоть и родственные по смыслу.

География фамилии узкая. Агафиловы встречаются в основном в центральных и южных областях России: Воронежская, Тамбовская, Ростовская области. Встречаются и в Украине, но редко. Сословно это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия: в списках дворянских родов она не значится. В XIX веке носители фамилии часто записывались как однодворцы или государственные крестьяне.

Есть и версия, что Агафилов могло быть не от имени, а от прозвища Агафила — так могли назвать человека доброго, услужливого, «дружелюбного». Но в русской ономастике прозвища от греческих корней с таким значением приживались редко, поэтому версия с крестильным именем надёжнее.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых метриках можно встретить Агафилов, Огафилов, а также Агафилев (с суффиксом -ев под влиянием мягкого произношения). Но современная норма — Агафилов, с ударением на второй слог: Ага́филов.