Фамилия Агафилушкин — редкий случай, когда в основе лежит не просто имя, а целая конструкция из двух греческих корней. Если большинство фамилий на -ин образованы от простых имён (Иван — Иванов, Петя — Петин), то здесь мы видим сложносоставное каноническое имя Агафилус. Оно происходит от греческих слов «агатос» (добрый, благой) и «филос» (друг, любящий). В буквальном переводе Агафилус означает «добрый друг» или «любящий добро». Имя это встречалось в святцах, но было редким, поэтому и фамилия, образованная от него, осталась штучной.

Суффикс -ушк- в фамилии — не просто уменьшительная форма, а указание на то, что предка звали не полным именем Агафилус, а домашним, ласкательным вариантом — Агафилушка. Так в быту называли ребёнка или человека, к которому относились с теплотой. Далее к этой основе прибавили типичный русский патронимический суффикс -ин, который отвечает на вопрос «чей?»: Агафилушкин — буквально «сын Агафилушки». Модель образования здесь та же, что у фамилий Тимошкин, Мишкин или Федькин, но с гораздо более редкой и книжной исходной основой.

Обратите внимание на написание: фамилия пишется через «а» в первом слоге (Ага-), а не «Ога-», что подтверждает её связь с греческим корнем «агатос», а не с русским словом «гагара» или чем-то подобным. В дореволюционных метрических книгах могли встречаться варианты Агафилушкин и Агафилушкинъ, но современная орфография закрепила единый вариант.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным губерниям Российской империи, где было сильнее влияние церковных имен, а не простонародных прозвищ. Встретить Агафилушкиных можно было в среде духовенства или купечества, где ценили редкие, «говорящие» имена с положительным значением. Однако из-за редкости имени фамилия никогда не была массовой. В современных базах данных она встречается буквально единичными семьями, в основном в России и на Украине.

Сравните с однокоренными, но более известными фамилиями: Агафонов (от имени Агафон — тоже «добрый»), Агапов (от Агапий — «любовь») или Филатов (от Филат — «боголюбивый»). Агафилушкин стоит в этом же смысловом ряду, но с более сложной внутренней формой: это не просто «добрый», а именно «друг добра», что выделяло предка как человека с подчёркнуто положительной характеристикой.