Фамилия Агафилушкина — редкий пример, когда в основе лежит не имя, а цельное прозвище, собранное из греческих корней. Разберём её по частям. Первая часть — «Агафи-» восходит к греческому «агатос» (добрый, хороший) или к имени Агафий (календарная форма Агафон). Вторая часть — «филушкин» — ещё интереснее. Корень «фил-» (греч. «филео» — люблю) в русских фамилиях обычно даёт «Филатов» (от Филат), но здесь он соединился с суффиксом «-ушк-», который в фамилиях встречается крайне редко. Суффикс «-ушк-» чаще свойственен уменьшительно-ласкательным формам имён (Ванюшка, Мариушка), но в фамилии он указывает на прозвищное происхождение: «Филушка» — человек, которого ласково называли Любящим (от «фил»). Получается, что Агафилушка — это прозвище, означающее «добрый любящий» или «тот, кто любит добро». Семантически это близко к греческому имени Агафий (добрый, хороший), но с добавлением корня любви — то есть прозвище могло быть дано человеку с двойной характеристикой: не просто добрый, а именно любящий добро.

Географически фамилия почти не встречается за пределами центральной России и, возможно, южных областей, где греческое влияние через церковные имена было сильнее. Окончание «-а» указывает на женскую форму, но в русской традиции фамилия склоняется по мужскому роду как Агафилушкин (для мужчин) и Агафилушкина (для женщин). При этом исходное прозвище Агафилушка было, скорее всего, мужским — так могли назвать либо богомольного, либо начитанного в житиях человека, либо того, кто в деревне слыл «добряком» и «любителем всех».

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия уникальна: она не укладывается в типичные схемы «имя + суффикс принадлежности» (Иванов, Петров) или «профессия + суффикс» (Кузнецов). Здесь мы видим редкий случай, когда прозвище образовано сложением двух греческих основ, а затем к нему добавлен русский уменьшительный суффикс «-ушк-» и родовое окончание «-ин». По сути, это гибрид церковнославянской книжности и народной речи. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова подобных примеров почти нет — фамилия стоит особняком.

Версия, что фамилия могла произойти от имени Агафья (уменьшительное Агафилушка) с последующим добавлением суффикса «-ин», менее правдоподобна: имя Агафья женское, а суффикс «-ушк-» в женских уменьшительных формах даёт «Агафьюшка», а не «Агафилушка». Таким образом, исходное прозвище было мужским, и его обладатель, вероятно, был человеком, которого в окружении ценили за доброту и искреннюю любовь к людям — редкое качество, закреплённое в фамилии.