Фамилия Агафьина — один из редких примеров русской матронимической фамилии. Она образована от женского имени Агафья, которое восходит к греческому Агата, что значит «добрая», «хорошая». В русский именослов имя попало через церковную традицию, а в народе закрепилось в формах Агафья, Огафья, Гапа, Гаша. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Агафьин, то есть сын или потомок Агафьи.

В русской ономастике фамилии от имени матери — редкость. Обычно род передавали по отцу, но если предка звали Агафьей, а не Агафоном, это говорит о том, что женщина играла в семье ключевую роль. Такое случалось, когда она оставалась вдовой, сама вела хозяйство или была единственной кормилицей. Земские переписи и ревизские сказки XVIII–XIX веков фиксируют матронимы в крестьянской и мещанской среде, особенно в северных и центральных губерниях. В Вологодской и Архангельской губерниях, где женщины нередко управляли хозяйством в отсутствие мужчин, фамилии на -ин от женских имён встречались чаще.

Словообразовательно Агафьина — форма женского рода, мужской вариант — Агафьин. В современном употреблении фамилия редкая: по данным переписей, её носят не более нескольких тысяч человек по всей России, с заметной концентрацией в Поволжье и на Урале.

Спорных версий у этой фамилии почти нет. Иногда её путают с Агафоновой, но корни разные: Агафонов — от мужского имени Агафон (тоже греческое, «благой»), а Агафьина — от женского Агафья. Правдоподобнее всего, что предки носителей жили в крестьянской среде, где имя Агафья было очень распространено, а фамилию закрепили в документах по материнской линии — нередко в случае повторного брака или когда отец не был записан.