Фамилия Агафьева — это типичный пример «матронимической» фамилии, то есть образованной от женского имени. Такие фамилии встречаются реже, чем отчества от мужских имён, и часто указывают на особые семейные обстоятельства в прошлом.

В основе лежит крестильное имя Агафья (от греческого «агатос» — «хорошая, добрая»). В русской традиции фамилии на -ев/-ов обычно означали «чей?»: Агафьев — сын Агафьи. Почему вместо отчества по отцу предка записали по матери? Чаще всего это случалось, если женщина рано овдовела и сама воспитывала детей, или если муж был из другого сословия и не мог передать свою фамилию, либо в ситуации, когда мать была более известной или авторитетной фигурой в общине (например, знахарка, повитуха или вдова с хозяйством). Иногда матронимы давали незаконнорождённым детям, которых записывали по матери.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев (после мягкого согласного «фь») присоединился к основе Агафь-. Агафьева — женская форма, мужская — Агафьев. Фамилия недвусмысленно русская, хотя имя пришло из греческого языка вместе с христианством.

В старину Агафья было одним из самых распространённых женских имён в крестьянской среде, особенно в северных и центральных губерниях. Поэтому фамилия Агафьева встречается повсеместно, но не так часто, как Иванов или Петров: матронимический способ образования всегда был менее массовым. Если искать географию, то наибольшая плотность носителей исторически фиксируется в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVIII–XIX веках активно переселялись крестьяне из центральной России.

Интересная деталь: в некоторых говорах имя Агафья произносили как «Огафья» или «Гапа», поэтому могли возникнуть родственные фамилии Огафьев, Гапьев, Гапошкин. Но Агафьева — это книжная, полная форма, которая сохранила начальную «А». Сословной принадлежности фамилия не указывает: её могли носить и крестьяне, и мещане, и купцы, но в дворянской среде матронимы почти не встречались — там предпочитали отчества по мужской линии.