Фамилия Аганёнков — редкий случай, когда ударение падает на последний слог, и это не случайность. Суффикс -ёнк- (в форме -ёнков) прямо указывает на географию: это типично для юго-западных земель бывшей Российской империи (современные Беларусь, Украина, Смоленщина). В тех краях суффикс -ёнок (а в фамилиях — -ёнков) означал «маленький, сын того, кто назван в корне». Если основа — Аганя, то Аганёнок — это «сын Агани».

Самая вероятная основа — личное имя Аганя. Это обиходная, уменьшительная форма от крестильных имён Агафон (греч. «добрый, благой») или Агапий (греч. «любимый»). В русской народной среде такие имена часто «съеживались»: Агафон → Аганя, Агапий → Аганя. Соответственно, Аганёнков — «потомок того, кого в быту звали Аганей». Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «аганя» — так в некоторых говорах называли заботливого, опекающего человека (от «ага» в значении «старший, господин», заимствованного из тюркских языков). Но в этом случае фамилия была бы скорее прозвищной, а не патронимической.

Фамилия Аганёнков — не частая. Её носители традиционно жили на стыке великорусских и белорусских земель, в районах, где смешивались диалекты и модели образования фамилий. В центральных и северных губерниях России использовали суффикс -ов (Агафонов, Аганин), а юго-западный -ёнков — маркер миграции или исходного места жительства предков.

По социальному составу: крестьяне или мещане. В дворянские родословные книги эта фамилия не попала — слишком «простая» по модели образования, без приставок и суффиксов, характерных для шляхты (-ский, -ич). Но в этом и её ценность: Аганёнковы — потомки тех, кто жил на земле, не претендуя на титулы, и сохранил в фамилии живую народную речь.