Фамилия Аганёнков сразу привлекает внимание ударением на последний слог — это не орфографическая ошибка, а прямой географический маркер. Суффикс -ёнк- (в фамилии он превратился в -ёнков) типичен для юго-западных земель бывшей Российской империи: современные Беларусь, Украина, Смоленщина. В тамошних говорах суффикс -ёнок означал «маленький, сын того, кто назван в корне». Если основа — Аганя, то Аганёнок — «сын Агани».

Самая вероятная основа — личное имя Аганя. Это обиходная, уменьшительная форма от крестильных имён Агафон (греч. «добрый, благой») или Агапий (греч. «любимый»). В народной среде такие имена «съёживались»: Агафон → Аганя, Агапий → Аганя. Аганёнков — «потомок того, кого в быту звали Аганей». Менее вероятна, но допустима связь с диалектным словом «аганя» — так в некоторых говорах называли заботливого, опекающего человека (от тюркского «ага» — «старший, господин»). Но в этом случае фамилия была бы скорее прозвищной, а не патронимической.

Фамилия редкая. Её носители традиционно жили на стыке великорусских и белорусских земель, где смешивались диалекты и модели образования фамилий. В центральных и северных губерниях России использовали суффикс -ов (Агафонов, Аганин), а юго-западный -ёнков — маркер миграции или исходного места жительства предков. По социальному составу: крестьяне или мещане. В дворянские родословные книги фамилия не попала — слишком «простая» по модели, без приставок и суффиксов, характерных для шляхты (-ский, -ич). Аганёнковы — потомки тех, кто жил на земле, не претендуя на титулы, и сохранил в фамилии живую народную речь.