Фамилия Аганичев — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована от имени, которое пришло в православные святцы из греческого языка, но в народной среде получило собственную, «обрусевшую» форму. В её основе лежит каноническое имя Агафон, что в переводе с греческого означает «добрый», «благой». Однако в быту это имя часто сокращали и переиначивали: от Агафона появились уменьшительные формы Аганя, Агаха, Агаша. Именно от формы Аганя и была образована фамилия Аганичев.

Ключевая особенность этой фамилии — суффикс -ичев. В русской ономастике он указывает на «патронимическое» происхождение, то есть буквально отвечает на вопрос «чей?» — сын Аганича. Сама же форма Аганич — это, в свою очередь, отчество от имени Аганя, построенное по той же модели (Аганя → Аганич). Получается двойная патронимическая цепочка: имя Аганя → отчество Аганич → фамилия Аганичев. Такая модель характерна для северных и центральных областей России, где суффикс -ичев был распространён наравне с более привычным -ов (ср. Иванов и Иваничев).

Интересно, что фамилия могла возникнуть и от другого корня. В некоторых говорах «аганя» или «аган» могли называть человека с каким-то заметным качеством или внешним признаком, но эта версия менее убедительна. Церковное имя Агафон было настолько популярно в допетровской Руси, что дало жизнь целому кусту фамилий: Агафонов, Агашин, Агафоников, Агапьев — и Аганичев стоит в этом ряду как один из самых живых и нешаблонных вариантов.

С точки зрения социального состава, Аганичевы — это, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, а не знати. Фамилии на -ичев редко встречались у высшего дворянства, которое предпочитало формы на -ов и -ский. Первые письменные упоминания фамилии встречаются в документах XVI–XVII веков, что говорит о её древности, но без привязки к конкретному роду. Сегодня Аганичевы встречаются по всей России, но заметная концентрация носителей сохраняется в Поволжье и центральных областях — там, где имя Агафон в своё время было особенно любимо.