Фамилия Аганичин образована от имени Аганя — просторечной, обиходной формы древних крестильных имён Агапий или Агафон. Агапий в переводе с греческого означает «любимый», Агафон — «благой, добрый». В русской традиции такие сокращённые имена (Аганя, Ганя, Гапон) нередко становились основой для фамилий, особенно в среде крестьян и мещан, где полное церковное имя в быту почти не использовали.

Модель фамилии — суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: чей сын? — Агани. То есть Аганичин буквально значит «сын Агани». Это одна из самых распространённых патронимических моделей в северных и центральных областях России.

Версия о том, что род Аганичиных переехал в Россию, а фамилия прошла русификацию, не находит прямого подтверждения в источниках. Скорее всего, имя Аганя бытовало у русских с самого начала, как и другие производные от Агапия и Агафона. Переселенческая гипотеза могла возникнуть из-за того, что фамилия Аганичин встречается и в украинских, и в белорусских говорах, где форма «Аганя» тоже была употребительна.

Фамилия редкая. По современным данным, носители Аганичина сосредоточены в основном в Пермском крае, Кировской области и на Урале — регионах, где в XVIII–XIX веках активно селили государственных крестьян из центральных губерний. Это косвенно указывает на то, что предки Аганичиных были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами.

Интересная деталь: фамилия сохранила древнюю форму имени без перехода «г» в «ж» (ср. Агафон — Агафонов, Агапий — Агапин). Аганя — это нестандартный вариант, который в говорах мог звучать как «Оганя». В старых переписных книгах встречается написание «Аганин», но Аганичин — это именно патроним с полным суффиксом -ич-ин, что характерно для севернорусских фамилий, образованных от имён на -а/-я.