Основой фамилии Аганичин послужило церковное имя Агапий или Агафон. Имя Аганя является производной формой одного из крестильных имен: Агапий (в переводе с греческого означает «любимый») или Агафон (от греческого «благой, добрый»). Со временем род Аганичиных переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ин.