Фамилия Аганичина — яркий пример того, как русская фамилия может «застрять» в языке, сохранив архаичную форму. Её сердцевина — просторечный вариант имени Агафья (Агафия), которое в быту часто звучало как Аганя, Агана или Огана. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Аганичин, то есть сын или потомок Агани. Женское окончание -а в Аганичина — это либо форма жены (Аганичиха), либо «вдова Агани», но чаще всего так записывали детей в метриках, где фамилия отца автоматически ставилась в женском роде для девочек. Так что носительница фамилии — прямая наследница человека по имени Аганя.

Интересно, что в основе лежит не каноническое, а именно народное, усечённое имя. Агафья (от греческого «агатос» — хорошая, добрая) дала множество производных: Агаша, Гаша, Аганя. Форма Аганя характерна для северных и центральных говоров, где любили «обрубать» концы имён. Встречается и версия, что прозвище Аганя могло быть связано с глаголом «агать» — в диалектах так называли крикливого, шумного человека. Но для фамилии Аганичина это менее вероятно: имя-основа перевешивает.

Словообразовательная модель проста: основа Аган(я) + суффикс -ин. Это типичный «патроним» — фамилия, образованная от личного имени без дополнительных суффиксов вроде -ов. Такие фамилии (Ильин, Фомин, Никитин) древнее, чем «овские», и часто сохраняли исходное ударение. В фамилии Аганичина ударение, скорее всего, падает на второй слог (АганИчина), что тоже выдает её диалектное происхождение: в литературном варианте было бы АгАничина.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне из центральной России, унося с собой местные говоры. Сословно это почти наверняка крестьянская среда: в дворянских родах такие «простые» формы не приживались.

Есть у фамилии и «двойник» — Аганин. Аганичина — это именно форма женского рода, которая могла закрепиться как самостоятельная фамилия в тех семьях, где в документах записали сначала мать или вдову. В современных справочниках Аганичина стоит отдельно от Аганина, хотя корень у них общий.