Фамилия Аганичина — редкий пример того, как разговорная форма имени застыла в официальном документе и дошла до наших дней. Её основа — просторечное имя Аганя, которое в быту давали девочкам, наречённым Агафьей. Каноническое имя Агафья (от греческого «агатос» — добрая) в народе переделали на свой лад: Агаша, Гаша, а в северных и центральных говорах — Аганя, Огана. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Аганичин, то есть сын или потомок Агани. Женское окончание -а в Аганичина — это либо форма «жена Агани», либо запись детей в метриках, где фамилия отца автоматически ставилась в женском роде для девочек. Так что носительница фамилии — прямая наследница человека по имени Аганя.

Словообразовательная модель здесь архаичная: основа Аган(я) + суффикс -ин. Такие патронимы (Ильин, Фомин, Никитин) древнее фамилий на -ов и часто сохраняли исходное ударение. В фамилии Аганичина ударение, скорее всего, падает на второй слог (АганИчина), что выдаёт её диалектное происхождение: в литературном варианте было бы АгАничина.

Встречается и версия, что прозвище Аганя могло быть связано с глаголом «агать» — в диалектах так называли крикливого, шумного человека. Но для фамилии Аганичина это менее вероятно: имя-основа перевешивает, и большинство ономастов сходится на том, что корень здесь именно от Агафьи.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне из центральной России, унося с собой местные говоры. Сословно это почти наверняка крестьянская среда: в дворянских родах такие «простые» формы не приживались.

У фамилии есть «двойник» — Аганин. Аганичина — это именно форма женского рода, которая могла закрепиться как самостоятельная фамилия в тех семьях, где в документах записали сначала мать или вдову. В современных справочниках Аганичина стоит отдельно от Аганина, хотя корень у них общий.