Фамилия Аганичин образована от имени собственного и относится к распространенному типу славянских фамилий. Основой фамилии Аганичин послужило церковное имя Агапий или Агафон. Имя Аганя является производной формой одного из крестильных имен: Агапий (в переводе с греческого означает «любимый») или Агафон (от греческого «благой, добрый»). Вероятно, фамилия Аганичин изначально возникла на территории Украины или Белоруссии, о чем свидетельствует характерный суффикс -ич. Со временем род Аганичиных переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ин. О точном месте и времени возникновения фамилии Аганичин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Аганичин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.