Фамилия Агановский — одна из тех, чья основа не лежит на поверхности. С первого взгляда кажется, что перед нами типичная фамилия на -ский, образованная от географического названия, но с корнем «Аган» всё не так просто. Наиболее правдоподобная версия связывает её с рекой Аган в Западной Сибири (правый приток Тромъёгана, Ханты-Мансийский округ). Топонимические фамилии на -ский часто давались выходцам с определённой местности: Агановский — «тот, кто с Агана». Однако маловероятно, что фамилия возникла в среде коренных народов Севера; скорее, её носителем стал переселенец или служилый человек, получивший прозвание по месту жительства или службы.

Есть и другая, более прозаичная версия: основа могла произойти от имени Агафон или Агап, где «Аган» — народная сокращённая форма (ср. Аганя, Аганя). В таком случае суффикс -овский превращает отчество в фамилию, указывая на принадлежность: «сын Агана». Форма с -ский вместо обычного -ов встречается реже, но в польской и южнорусской традиции такое словообразование не редкость. Это могло указывать на шляхетское происхождение или просто на моду среди духовенства и мещан XIX века.

Интересно, что фамилия почти не встречается в центральных губерниях России. Основной ареал — Украина и юг России, где суффикс -ский особенно распространён. Встречаются варианты написания: Агановский и Огановский, что связано с аканьем в произношении. В метрических книгах XIX века фамилия фиксировалась в основном среди крестьян и мещан Черниговской и Полтавской губерний, что косвенно подтверждает версию о прозвищном, а не топонимическом происхождении: река Аган далеко от этих мест.

В любом случае, носитель фамилии Агановский может быть уверен: его предки либо жили на берегах сибирской реки, либо носили имя Аган (Агафон) и были достаточно заметны в своей общине, чтобы прозвище закрепилось за родом. Точнее сказать без генеалогического исследования сложно — слишком мало письменных источников по этой редкой фамилии.