Фамилия Аганин чаще всего ведет к названию сибирской реки Аган. Это левый приток Тромъегана, который впадает в Обь, — река длиной 544 километра с бассейном в 32 200 квадратных километров. Ее истоки лежат на болотистом водоразделе между бассейном Пура и правыми притоками Оби, в центральной части Западно-Сибирской равнины.

В ономастике такая модель встречается редко: обычно фамилии образуют от названий крупных городов (Москвин, Тверитин), а не от малых рек. Но Аган — заметный гидроним в Ханты-Мансийском округе, и человек, переселившийся с этих мест или живший на реке, мог получить прозвище Аган. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «Аганин» буквально значит «сын или потомок Агана».

Версия с тюркским или арабским корнем (например, от имени Ага — «господин») менее убедительна. Фамилия Аганин не фиксируется в старых боярских списках и дворянских родословных, а ее география — преимущественно северные и сибирские регионы, что косвенно подтверждает связь с речным названием. Прозвище по месту жительства — самая прямая и логичная версия, без натяжек.