Фамилия Аганичева — женская форма, её мужская основа — Аганичев. В ядре фамилии лежит имя или прозвище Аганя, Аганыч, Аганич. В русском быту такие сокращённые формы чаще всего образовывали от канонических имён Агафон (греч. «добрый, благой») или Аггей (др.-евр. «праздничный»). Имя Агафон в говорах легко ужималось до Аганя, а суффикс -ич/-ыч давал оттенок «сын такого-то» или просто бытовое прозвище. Сравните с фамилиями Аганин, Аганычев — они из того же гнезда, но с разными патронимическими суффиксами.

Форма Аганичев нестандартна для центральной России, где преобладает суффикс -ов/-ев. Суффикс -ичев характерен для северных и северо-восточных земель: Вологодчина, Архангельская область, Вятка. Такие фамилии закреплялись в письменных источниках позже, уже после XVII века, когда модель на -ич перестала быть живой. В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне Аганичевы в Устюжском и Сольвычегодском уездах — там такое окончание не редкость.

Исходное прозвище Аганя могло относиться к человеку с добрым нравом (от Агафон) либо к тому, кто родился в праздник (от Аггей). Есть и бытовая версия: в некоторых говорах «аганить» значило «кричать, шуметь». Прозвище Аганя могли дать громогласному или беспокойному человеку. Эта версия менее распространена, но не лишена оснований — в ономастике нередки случаи, когда фамилия восходит к глагольной основе, а не к имени.

Встречаемость фамилии Аганичева сегодня невысокая. Она держится в тех же регионах, где и возникла: Вологодская, Архангельская области, а также в Кировской — следы вятского переселения. В центральных и южных областях она редка. Носители фамилии — потомки, скорее всего, черносошных крестьян или посадских людей, а не дворян: суффикс -ичев в дворянских родах почти не встречается.