Фамилия Аганичева — женская форма, а в основе лежит мужская Аганичев. Её ядро — имя или прозвище Аганя, Аганыч, Аганич. Такие сокращённые формы в русском быту образовывали от канонических имён, чаще всего от Агафон (греч. «добрый, благой») или Аггей (др.-евр. «праздничный»). В говорах имя Агафон легко ужималось до Аганя, а суффикс -ич/-ыч придавал оттенок «сын такого-то» или просто бытовое прозвище. Сравните с фамилиями Аганин, Аганычев — они из того же гнезда, но с разными патронимическими суффиксами.

Форма Аганичев — не стандартная для центральной России, где преобладает -ов/-ев. Суффикс -ичев характерен для северных и северо-восточных земель (Вологодчина, Архангельская область, Вятка), а также для фамилий, которые закрепились в письменных источниках позже, уже после XVII века, когда модель на -ич перестала быть живой. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян Аганичевых в Устюжском и Сольвычегодском уездах — там такое окончание не редкость.

Исходное прозвище Аганя могло относиться к человеку с добрым нравом (от Агафон) либо к тому, кто родился в праздник (от Аггей). Но есть и бытовая версия: в некоторых говорах «аганить» значило «кричать, шуметь», и прозвище Аганя могли дать громогласному или беспокойному человеку. Эта версия менее распространена, но не лишена оснований — в ономастике нередки случаи, когда фамилия восходит к глагольной основе, а не к имени.

Встречаемость фамилии Аганичева сегодня невысокая, она держится в тех же регионах, где и возникла: Вологодская, Архангельская области, а также в Кировской — следы вятского переселения. В центральных и южных областях она редка. Носители фамилии — потомки, скорее всего, черносошных крестьян или посадских людей, а не дворян: суффикс -ичев в дворянских родах почти не встречается.