Фамилия Аганин — хороший пример того, как русская фамилия может быть связана не с именем или профессией, а с географическим названием. Судя по всему, её основа — название реки Аган в Ханты-Мансийском автономном округе. Это левый приток реки Тромъеган, которая впадает в Обь. Длина Агана — 544 км, площадь бассейна — 32 200 км². Истоки реки лежат на болотистом водоразделе между бассейном Пура и правыми притоками Оби, а течёт она по центральной части Западно-Сибирской равнины.

Модель образования здесь типичная для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Первоначально «Аганин» означало «сын (или человек) Агана», то есть выходца с берегов этой реки. Прозвище Аган могли дать переселенцу, который пришёл из тех мест. Такая схема — называть человека по реке, озеру или городу — одна из древнейших в славянской ономастике.

Стоит отметить, что корень «аган» встречается и в некоторых тюркских языках, где может означать «господин» или «старший брат», но в данном случае топонимическая версия выглядит убедительнее. Связь фамилии с конкретной сибирской рекой — редкая деталь, которая выделяет Аганиных среди множества других фамилий на -ин. О точном времени и месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс её закрепления шёл постепенно, но в любом случае Аганины — это живой след русского освоения Западной Сибири, закреплённый в фамильном прозвище.