Фамилия Аганин происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Аганин, скорее всего, образована от названия реки Аган в Ханты-Мансийском автономном округе. Аган - левый приток реки Тромъеган, близ впадения её в Обь, длина 544 км, площадь бассейна 32 200 км². Истоки Агана расположены на возвышенном болотистом водоразделе бассейна реки Пур и правых притоков Оби. Протекает в центральной части Западно-Сибирской равнины. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Аган, со временем получил фамилию "аганин". О точном месте и времени возникновения фамилии Аганин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Аганин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.