Фамилия Аганина образована от названия реки Аган в Ханты-Мансийском автономном округе. Аган — левый приток реки Тромъеган, длина 544 км, площадь бассейна 32 200 км². Истоки реки лежат на возвышенном болотистом водоразделе бассейна Пура и правых притоков Оби, протекает она в центральной части Западно-Сибирской равнины. Вполне вероятно, что предок Аганиных родился и жил на берегу этой реки.

Фамилия построена по простой и распространённой модели: к основе «Аган» добавили суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность — «чей?» — и часто закреплялся за людьми, получившими прозвище от географического объекта. Потомок человека, которого в округе называли Аган (по месту жительства или происхождения), со временем стал Аганиным. Женская форма Аганина закрепилась за носительницей фамилии по той же схеме.

Этот случай — пример так называемого топонимического прозвища, когда человека именовали по реке, озеру или урочищу, где он обосновался. Такие фамилии особенно характерны для Сибири и Севера, где огромные пространства и редкие поселения заставляли привязывать прозвище к заметному природному ориентиру. В отличие от более частых фамилий, образованных от крестильных имён или профессий, Аганина прямо связывает родословную с конкретным местом на карте — бассейном Оби.

Мужской вариант фамилии — Аганин — также бытует, но в разговорной речи и документах форма на -а нередко становится общей для всех членов семьи, особенно если фамилия давно устоялась и не склоняется по родам в быту.