Фамилия Аганина, скорее всего, образована от названия реки Аган в Ханты-Мансийском автономном округе. Аган - левый приток реки Тромъеган, близ впадения её в Обь, длина 544 км, площадь бассейна 32 200 км². Истоки Агана расположены на возвышенном болотистом водоразделе бассейна реки Пур и правых притоков Оби. Протекает в центральной части Западно-Сибирской равнины. Вполне вероятно, что предок Аганиных родился и жил на берегу этой реки. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Аган, со временем получил фамилию Аганина.