Фамилия Агаленков — классический пример русской фамилии, образованной от крестильного имени. Её основа — каноническое имя Агафон (от греческого «агатос» — «добрый», «хороший»). В народном произношении имя упростилось до Агалон, а затем до Агален: так в разговорной речи северных и центральных губерний «о» в безударной позиции переходило в «а», а твёрдый суффикс -он- сменился на более мягкий -ен-.

Суффикс -ков указывает на принадлежность: Агаленков — буквально «сын Агалена». Это типичная отчество-патронимическая модель, самая распространённая в России. Если бы фамилия закрепилась в форме Агаленкин, она бы указывала на мать или жену (от «Агаленка»), но -ов здесь говорит о прямой мужской линии.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным областям России. В XIX веке носители фамилии чаще всего встречались в Курской, Орловской и Тамбовской губерниях — регионах, где имя Агафон было популярно среди крестьян и мещан. Встречаются и варианты написания: Агаленков, реже Аголенков (с сохранением «о» в корне), но основной вариант закрепился именно через «а».

Предки носителей фамилии, скорее всего, были людьми из простонародья: крестьяне или ремесленники. Имя Агафон в дворянской среде встречалось редко, так как считалось «мужицким». В святцах имя присутствует, но в быту его нередко заменяли прозвищами, поэтому фамилия Агаленков — прямое свидетельство того, что предка звали именно так, без дополнительных прозвищ.

С точки зрения словообразования, фамилия не содержит редких или архаичных элементов. Она проста и прозрачна для русского уха: корень Агален- плюс типовой суффикс принадлежности. Это делает её одной из тех фамилий, по которым можно без труда восстановить историю семьи на три-четыре поколения назад, не прибегая к сложным лингвистическим реконструкциям.