Фамилия Агалин — редкий пример образования от крестильного имени через суффикс, который обычно указывает на принадлежность, но здесь работает иначе. Основа — Агала, уменьшительная форма от Агафон (от греческого «агатос» — добрый, хороший). Суффикс -ин в фамилиях этого типа значит «сын» или «потомок»: Агалин — буквально «сын Агалы». Но в отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречались в среде крестьян и мещан центральной России, фамилии на -ин тяготеют к северным и северо-восточным территориям — Вологодчине, Архангельской области, Вятке. В этих краях суффикс -ин был продуктивнее, потому что там дольше сохранялась архаичная модель образования от кратких имён.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не лишённая смысла. В некоторых говорах «агала» или «агалка» — прозвище суетливого, непоседливого человека, от диалектного глагола «агалить» (беспокоить, тормошить). Тогда Агалин — не от имени, а от прозвища, закрепившегося за родоначальником. Спор решается просто: прозвищная версия слабее, потому что в документах XVI–XVII веков, где фиксируются первые носители фамилии, имя Агала встречается как самостоятельное, а диалектное слово «агалить» нигде не записано в качестве основы для прозвища.

Интересная деталь: фамилия Агалин почти не имеет двойников. В отличие от Агафонова или Агапова, которые распространены повсеместно, Агалин остаётся локальной. Перепись 1897 года по Вологодской губернии показывает несколько десятков Агалиных в Тотемском и Вельском уездах, а в остальных регионах — единичные случаи. Это значит, что фамилия не «размножилась» за счёт переселений и сохранила привязку к первоначальной территории.

Сословный состав Агалиных, насколько можно судить по косвенным данным, — государственные крестьяне. В списках купцов и дворян эта фамилия не встречается. Никаких громких имён среди носителей нет, и это нормально: большинство русских фамилий именно такие — без биографий в энциклопедиях, но с чёткой географией и ясной этимологией.