Фамилия Аганеева — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, лучше начать не с корня, а с суффикса и географии. Основа здесь — Аганей. Суффикс -ев даёт притяжательное значение: «чей?» — Аганеев, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Аганей. Модель с окончанием на -ей, -ай, -ей (-ев/-ов) типична для тюркских или кавказских языков, где такие формы часто имеют уменьшительный или ласкательный оттенок.

Самое вероятное объяснение: Аганей восходит к тюркскому имени Аганай. В тюркских языках «ага» означает «старший брат», «господин», «начальник», а суффикс -най/-ней активно участвует в образовании имён (сравните Алманай, Байнай). Следовательно, Аганай — это «почтенный», «старший» или, в ласкательном смысле, «господинчик». Фамилия Аганеева могла появиться у поволжских татар, башкир или у народов Северного Кавказа (например, у кумыков или ногайцев), где подобные имена были в ходу.

Менее вероятная версия — от канонического имени Агапий (от греч. agape — «любовь»). В народной речи Агапий мог превратиться в Агапей, а затем, через диалектные формы, — в Аганей. Однако убедительных фонетических свидетельств для такого перехода нет, и эта гипотеза заметно слабее.

Поскольку фамилия не массовая, её носители, скорее всего, происходят из одного рода или небольшой локальной группы. Точных данных о сословном составе нет, но если исходить из тюркского происхождения, предки могли быть крестьянами или служилыми людьми — например, толмачами или казаками на юго-восточных рубежах России. Окончание -ева, а не -ова в написании Аганеева — типичный признак основ на мягкий согласный или -й, что дополнительно подтверждает связь с именем Аганей. Встречается и мужская форма Аганеев, но женская Аганеева в официальных документах закрепилась чаще, чем у многих аналогичных фамилий.