Фамилия Аганеева — редкая и с неочевидной этимологией. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать не столько корень, сколько суффикс и возможную географию бытования.

Основа фамилии — Аганей. Суффикс -ев указывает на притяжательное значение: «чей?» — Аганеев, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Аганей. Такие фамилии на -ей, -ай, -ей (-ев/-ов) характерны для тюркских или кавказских языков, где они образуются от личных имён с уменьшительным или ласкательным значением.

Самое вероятное объяснение: Аганей — вариант тюркского имени Аганай. В тюркских языках «ага» означает «старший брат», «господин», «начальник», а суффикс -най/-ней часто образует имена (ср. Алманай, Байнай). Таким образом, Аганай — «почтенный», «старший» или «господинчик» (в ласкательном смысле). Фамилия Аганеева могла возникнуть в среде поволжских татар, башкир или у народов Северного Кавказа (например, у кумыков или ногайцев), где такие имена были распространены.

Менее вероятная, но возможная версия — от канонического имени Агапий (от греч. agape — «любовь»). В народной речи Агапий мог преобразоваться в Агапей, а затем через диалектные формы — в Аганей. Однако для такого перехода нет убедительных фонетических свидетельств, и эта гипотеза слабее.

Поскольку фамилия не массовая, её носители, скорее всего, происходят из одного рода или небольшой локальной группы. Точных данных о сословном составе нет, но если фамилия тюркского происхождения, предки могли быть крестьянами или служилыми людьми (например, толмачами или казаками) на юго-восточных рубежах России.

В написании Аганеева обращает на себя внимание окончание -ева, а не -ова: это типично для основ на мягкий согласный или -й, что подтверждает связь с именем Аганей. Встречается также вариант Аганеев (мужская форма), но женская форма Аганеева закрепилась в официальных документах чаще, чем у многих аналогичных фамилий.